| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,882,868 | C→T | 7.7% | intergenic (+67/‑158) | oprN → / → PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,882,868 | 0 | C | T | 7.7% | 183.9 / 4.9 | 65 | intergenic (+67/‑158) | oprN/PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/31); new base T (2/3); total (31/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
TCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACG > NC_002947/3882719‑3883016 | tCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGccc > 1:163428/1‑150 (MQ=255) aCCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCtgcg > 1:1171568/1‑150 (MQ=255) tttATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCgggg < 1:340319/150‑1 (MQ=255) gcgGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCttttt < 1:65031/150‑1 (MQ=255) gCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGCGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAt < 2:1125933/150‑1 (MQ=255) aTCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGt < 2:423483/150‑1 (MQ=255) tcttccGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGttt < 1:765688/145‑1 (MQ=255) cTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTa < 1:410165/150‑1 (MQ=255) tACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTAt < 1:1299478/150‑1 (MQ=255) cAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTa < 1:1556678/147‑1 (MQ=255) cAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTa > 2:1556678/1‑147 (MQ=255) aGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCAc < 1:1284490/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTc < 1:1429067/147‑1 (MQ=255) ggCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTc > 2:1429067/1‑147 (MQ=255) ggCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGAATACCTTAACCCCCTCCTCCCCCAACCGGGTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCAcc < 1:198988/150‑1 (MQ=255) cccTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCAcccc > 2:462345/1‑150 (MQ=255) gcggcTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg > 1:1353659/1‑110 (MQ=255) gcggcTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 2:1353659/110‑1 (MQ=255) cggcTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGt > 2:901431/1‑150 (MQ=255) ggcTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTg > 1:1129509/1‑150 (MQ=255) gcTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGc < 2:163428/150‑1 (MQ=255) ggCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATg < 1:1061210/150‑1 (MQ=255) aaCCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGaa > 2:644533/1‑150 (MQ=255) aaCCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTCGTTCGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACCCAGCGCCTGGaa > 2:551339/1‑150 (MQ=255) ggTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTa > 2:710149/1‑100 (MQ=255) ggTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTa < 1:710149/100‑1 (MQ=255) tGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAgg > 1:500572/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctg > 2:960227/1‑150 (MQ=255) gcgcACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGacctggcgc > 2:911746/1‑150 (MQ=255) gcACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGTAATGCCACCGCAGgcctggcgcct < 1:628849/150‑1 (MQ=255) cACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg < 1:462345/150‑1 (MQ=255) tGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgc > 1:548779/1‑137 (MQ=255) tGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgc < 2:548779/137‑1 (MQ=255) aCTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCAccc > 1:426287/1‑98 (MQ=255) aCTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCAccc < 2:426287/98‑1 (MQ=255) aCTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgc < 1:206982/130‑1 (MQ=255) aCTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgc > 2:206982/1‑130 (MQ=255) tGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGtc < 2:1129509/150‑2 (MQ=255) tGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTg < 1:901431/150‑1 (MQ=255) ccTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCgg < 1:1023544/63‑1 (MQ=38) ccTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCgg > 2:1023544/1‑63 (MQ=38) ccTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGcc < 1:960227/150‑1 (MQ=255) cAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcgg < 2:35886/150‑1 (MQ=255) aaCGGCTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACg < 2:1583448/139‑1 (MQ=255) aaCGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACg > 1:1583448/1‑139 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg < 2:1330649/124‑1 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGCCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg > 1:1330649/1‑124 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCACGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGc > 1:597361/1‑150 (MQ=255) tttGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACGGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCa > 1:1026714/1‑150 (MQ=255) tttGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg < 1:343593/123‑1 (MQ=255) tttGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg > 2:343593/1‑123 (MQ=255) ttggCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTAc < 1:263558/150‑1 (MQ=255) ctcctcCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTAccccc > 2:10644/1‑150 (MQ=255) tcctccCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTAcccccc > 2:1289729/1‑150 (MQ=255) tccCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACCGACTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGc > 2:1200077/1‑150 (MQ=255) ccccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg < 2:269656/108‑1 (MQ=255) ccccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg > 1:269656/1‑108 (MQ=255) ccccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCGTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGCCtc > 2:253065/1‑149 (MQ=255) ccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGc < 1:10644/150‑1 (MQ=255) cAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGcc > 1:287702/1‑150 (MQ=255) 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cccGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAAt > 2:1096769/1‑58 (MQ=255) cccGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAAt < 1:1096769/58‑1 (MQ=255) ccGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACg > 2:180052/1‑150 (MQ=255) | TCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACG > NC_002947/3882719‑3883016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |