| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 344,035 | A→G | 14.5% | intergenic (+121/+68) | PP_5440 → / ← PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 344,035 | 0 | A | G | 14.5% | 135.2 / 11.4 | 54 | intergenic (+121/+68) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/19); new base G (5/3); total (32/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAG > NC_002947/343892‑344184 | ttCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAAccc > 1:264806/1‑150 (MQ=255) ggACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGt > 2:743809/1‑150 (MQ=255) aGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt > 1:1096387/1‑150 (MQ=255) 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tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc < 1:1290342/137‑1 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc > 2:1290342/1‑137 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc > 2:1290170/1‑137 (MQ=255) gTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGc < 1:1270642/150‑1 (MQ=255) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACGGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTctgtg > 2:1419174/1‑115 (MQ=25) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACGGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTctgtg < 1:1419174/119‑5 (MQ=25) 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2:946115/1‑139 (MQ=255) aaaaaTCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTg > 1:853615/1‑150 (MQ=255) ccgaagcgACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGc > 2:867622/8‑150 (MQ=37) tCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTa > 2:1516812/1‑150 (MQ=255) acaGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATc > 1:510556/1‑150 (MQ=255) aGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTg < 2:853615/150‑1 (MQ=255) gACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATc < 2:272735/123‑1 (MQ=37) gACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATc > 1:272735/1‑123 (MQ=38) gACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTgg > 1:872823/1‑150 (MQ=39) aacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcg > 1:618221/1‑150 (MQ=255) aacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcg > 1:242089/1‑150 (MQ=255) aaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgacga < 2:1643679/150‑1 (MQ=255) aaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAg > 1:1489208/1‑150 (MQ=255) | TTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAG > NC_002947/343892‑344184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |