Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,237,681 | C→A | 8.5% | E205* (GAG→TAG) ‡ | catB ← | muconate cycloisomerase 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,237,681 | 0 | C | A | 8.5% | 142.5 / 2.5 | 47 | E205* (GAG→TAG) ‡ | catB | muconate cycloisomerase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/21); new base A (2/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
TCGACTCATCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCATGTGC > NC_002947/4237540‑4237829 | tcgaCTCATCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGt > 1:465650/1‑150 (MQ=255) aTCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGtt < 2:605004/150‑1 (MQ=255) ggCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGAc > 1:1254489/1‑150 (MQ=255) ggCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGAc < 1:1287460/150‑1 (MQ=255) gCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACg > 1:818701/1‑150 (MQ=255) ccATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGt < 1:1414277/150‑1 (MQ=255) aTGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCg > 1:600166/1‑150 (MQ=255) tGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGa < 2:493350/150‑1 (MQ=255) gATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGAc > 2:64317/1‑150 (MQ=255) gAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCGCCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTTGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCa < 1:792189/150‑1 (MQ=255) ggACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTg < 2:1233116/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGgcgc > 2:491337/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCAccc > 2:546374/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCAccc > 1:708932/1‑150 (MQ=255) gcgcACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTc > 1:1439095/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCCAGCGCGGTTCATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCgcgc < 1:1029825/150‑1 (MQ=255) cacggCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGATCAAACAGGCCCTCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCt > 2:1365436/4‑150 (MQ=255) aGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATcgc < 1:64317/150‑1 (MQ=255) tGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCTGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCt > 2:1098861/1‑150 (MQ=255) cgcgAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTg < 2:1254489/150‑1 (MQ=255) gAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAgg < 1:491337/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTgc > 2:403528/1‑150 (MQ=255) gctgctCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTgcg < 2:1439095/150‑1 (MQ=255) tCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTc < 2:1308299/80‑1 (MQ=255) tCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTc > 1:1308299/1‑80 (MQ=255) tCGATCAGGTCGATGCCGTTGTAGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGGCGCGGCGCAGGACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCAcc > 2:98582/1‑150 (MQ=255) gTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGgc < 2:418828/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGt < 1:491291/60‑1 (MQ=255) tGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGt > 2:491291/1‑60 (MQ=255) tGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGa > 1:487346/1‑150 (MQ=255) cccAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTTGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTg > 2:392782/1‑150 (MQ=255) cAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCtt > 2:1407006/1‑147 (MQ=255) cAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCtt < 1:1407006/147‑1 (MQ=255) tGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCgg < 1:103697/150‑1 (MQ=255) tGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCgg < 1:103747/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTg > 2:1536274/1‑150 (MQ=255) gcgGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGa > 1:741983/1‑122 (MQ=255) gcgGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGa < 2:741983/122‑1 (MQ=255) ggATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGAcct > 1:1205268/1‑83 (MQ=255) ggATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGAcct < 2:1205268/84‑2 (MQ=255) gATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAAt < 2:600166/150‑1 (MQ=255) cagtacTGGGACGAGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGtt < 1:1451701/105‑1 (MQ=255) cagtacTGGGACGAGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGtt > 2:1451701/6‑110 (MQ=255) tacTGGGACGAGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAgg < 2:21404/88‑1 (MQ=255) tacTGGGACGAGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAgg > 1:21404/3‑90 (MQ=255) cTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCGGCAtgtg > 1:1579698/1‑150 (MQ=255) tCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGCCGCGCTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCAtgtgc < 1:1251776/150‑1 (MQ=255) | TCGACTCATCGGCCATGATCGGAGCCGGACTGCGCTGGTTCAGGCGCACCTGGCCAGCGCGGTTGATGCGCGAAATCGGCTGCTCGATCAGGTCGATGCCGTTGTCGCCCAATACCTGGCAGGCGCGGATGGCCTGGGACTCGTCCCAGTACTGGTTGACGTCGACCCGCACGCTGGCGCTGTCACCCAGCTCGCGCTTGATCGCGACCACGTGCTTGAGGTCCTGCGCCACCGGGTTGGCGCCGATTTTCAGCTTGAACACGCGGTGCCGGCGAATGTCCAGCATGTGC > NC_002947/4237540‑4237829 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |