| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,246,347 | C→T | 7.0% | intergenic (‑29/+6) | alr ← / ← aruI | alanine racemase/2‑ketoarginine decarboxylase AruI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,246,347 | 0 | C | T | 7.0% | 164.8 / 3.2 | 57 | intergenic (‑29/+6) | alr/aruI | alanine racemase/2‑ketoarginine decarboxylase AruI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base T (2/2); total (27/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
TTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGCCAGGCCGATGAAATCCGG > NC_002947/4246198‑4246496 | tttGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTgc < 1:1308660/150‑1 (MQ=255) tGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTgcgc < 2:1270319/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCt < 1:280926/150‑1 (MQ=255) 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gTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGCGTCCGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGgt > 1:851533/1‑150 (MQ=255) ttGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGttt < 1:410763/150‑1 (MQ=255) cATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGtt < 1:1092714/150‑1 (MQ=255) cATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGtt > 2:1450500/1‑150 (MQ=255) aTCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCtt < 1:323838/125‑1 (MQ=255) aTCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCtt > 2:323838/1‑125 (MQ=255) gACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGAt < 2:501322/150‑1 (MQ=255) ggtggtGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAg < 2:76449/127‑1 (MQ=255) ggtggtGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAg > 1:76449/1‑127 (MQ=255) ggtgCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATTGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCAc < 1:1073705/150‑1 (MQ=255) gCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATg > 2:1024872/1‑139 (MQ=255) gCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATg < 1:1024872/139‑1 (MQ=255) cATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGAc > 1:1429019/1‑113 (MQ=255) cATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGAc < 2:1429019/113‑1 (MQ=255) aGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTCTGGc > 2:287348/1‑150 (MQ=255) gggCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGaaa < 1:1168711/150‑1 (MQ=255) cTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGTGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGt > 1:1203190/1‑116 (MQ=255) cTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGTGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGt > 1:1203139/1‑116 (MQ=255) cTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGTGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGt < 2:1203190/116‑1 (MQ=255) cTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGTGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGt < 2:1203139/116‑1 (MQ=255) tGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTaa < 2:463389/94‑1 (MQ=255) tGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTaa > 1:463389/1‑94 (MQ=255) ggttaccAGAAGTGCCAGGGCGGCCGCCAGATGGGTACGGCGGCAGGGCATCGTGTTTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCATGTGTGTTTGAGTTCGATGAGCGTCACGCCGGGTGGGGCGAAACCGCTGGCCa < 1:777576/144‑1 (MQ=255) gATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGt < 2:511754/150‑1 (MQ=255) aTCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTaa > 2:980445/1‑85 (MQ=255) aTCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTaa < 1:980445/85‑1 (MQ=255) aTCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTc > 1:73291/1‑150 (MQ=255) ccAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGttt > 1:694002/1‑92 (MQ=255) ccAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGttt < 2:694002/92‑1 (MQ=255) ccAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGa < 1:161750/94‑1 (MQ=255) ccAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGa > 2:161750/1‑94 (MQ=255) aGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAgcgc > 2:266103/1‑150 (MQ=255) aTGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTcc < 1:966929/150‑1 (MQ=255) gTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGATGGCCAGGTCGGCCTGCAGAGAGTCCAGGTCGCGTGGCTg > 2:336643/1‑150 (MQ=255) gggCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGa > 1:1083049/1‑63 (MQ=255) gggCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGa < 2:1083049/63‑1 (MQ=255) gggCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGc > 2:232610/1‑91 (MQ=255) gggCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGc < 1:232610/91‑1 (MQ=255) gCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAAc < 1:1569915/72‑1 (MQ=255) gCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAAc > 2:1569915/1‑72 (MQ=255) gCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTGGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGCTGCaa > 1:1499667/1‑150 (MQ=255) aTTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACg < 1:595227/136‑1 (MQ=255) aTTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACg > 2:595227/1‑136 (MQ=255) aCTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGcgcg > 1:678964/1‑150 (MQ=255) tCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCggg > 1:426495/1‑150 (MQ=255) gtgtTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGcc < 2:73291/150‑1 (MQ=255) gtTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGCCAg > 2:1623791/1‑150 (MQ=255) tCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGCCAGGc < 2:1608013/150‑1 (MQ=255) ttGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGACGGCGCgg > 2:1582958/1‑141 (MQ=255) ttGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCgg < 1:1582958/141‑1 (MQ=255) tCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGCCAGGCCGATg > 1:116202/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCTTAACAAACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGCCAGGCCGATGAAATCCg < 1:336643/150‑1 (MQ=255) cgcgcCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGCCAGGCCGATGAAATCCgg < 1:1450500/150‑1 (MQ=255) | TTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGATGAACGTCACGCCGGGTGTGGCGAAACCGCTGGCCAGGTCGGCCTGCAGCGCGTCCAGGTCGCGTGGCTGGTGCACGGTGCAACCGAAGGCGCGGGCCAGGCCGATGAAATCCGG > NC_002947/4246198‑4246496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |