Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,367,496 | C→A | 10.7% | G199V (GGC→GTC) | PP_3844 ← | D‑aminopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,367,496 | 0 | C | A | 10.7% | 162.3 / 6.0 | 56 | G199V (GGC→GTC) | PP_3844 | D‑aminopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/28); new base A (4/2); total (26/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 |
TCGAGCCCATGCCGGGGTGCGGCAGCGAAGCCTTGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCCACATGCTCGTGC > NC_002947/4367350‑4367639 | tCGAGCCCATGCCGGGGTGCGGCAGCGAAGCCTTGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCt > 1:1054616/1‑150 (MQ=255) gCCCATGCCGGGGTGCGGCAGCGAAGGCTTGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCCAAGCGCAGCTAGTGACGTGTGCCGGGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGt > 1:192606/1‑150 (MQ=255) gAAGCCTTGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCg < 2:1321276/150‑1 (MQ=255) agtccctGACGAACGGGGAGTCCGCCTGTTCCATGTACCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCTCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCgg < 1:602936/144‑1 (MQ=255) ttGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCg > 1:1553154/1‑150 (MQ=255) ttGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGACCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCg > 1:1082548/1‑150 (MQ=255) ttGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGACCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCg > 1:1082426/1‑150 (MQ=255) aGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATa < 1:1279938/150‑1 (MQ=255) ggAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATAc < 1:351600/150‑1 (MQ=255) gAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGt > 1:1082663/1‑141 (MQ=255) gAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGt < 2:1082663/141‑1 (MQ=255) tcGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGc < 1:843171/149‑1 (MQ=255) gggAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCt < 2:1054616/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTc > 2:1561043/1‑150 (MQ=255) gCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGCTTGGCTTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCg > 1:1533687/1‑150 (MQ=255) gCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCg > 1:1357468/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGcc < 2:721865/138‑1 (MQ=255) cTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGcc > 1:721865/1‑138 (MQ=255) tGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTCGGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCTTTGAATTCGTgg < 2:192606/150‑1 (MQ=255) ttCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACCCAGGCGCCGCGATGc < 1:973563/120‑1 (MQ=255) ttCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACCCAGGCGCCGCGATGc > 2:973563/1‑120 (MQ=255) aTGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTGGTTACGGATGCCGGGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACCGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATc > 1:314628/1‑150 (MQ=255) aGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATc < 2:224744/146‑1 (MQ=255) aGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATc > 1:224744/1‑146 (MQ=255) gCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGcc < 2:909172/150‑1 (MQ=255) gTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGc > 2:913825/1‑150 (MQ=255) cccACCGGATAGCGGTCGACGCGCAGTTGGGTAAGGATGCCGTGGTTCGGCTGGACAATAGCGCCAACAGGCCAGCTGCCCTGAGAGTTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTg > 2:317247/1‑150 (MQ=255) cACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGcc > 1:786513/1‑150 (MQ=255) cACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGACCTGAGTAGCACTCAggg > 1:691144/1‑94 (MQ=255) ggATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGccacca < 2:333997/150‑1 (MQ=255) aGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACAACCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCaccga > 1:1089585/1‑150 (MQ=255) tttCGTTACGCATGCCGTTGTTCGCCTGGACAATGGAGCCAACAGTCCAGCTGCCTTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATaa < 2:1089585/149‑1 (MQ=255) cGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACgg < 1:123640/150‑1 (MQ=255) ttACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGc < 2:1146895/150‑1 (MQ=255) ggATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCaa > 1:1172948/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCt < 2:120619/38‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCt > 1:120619/1‑38 (MQ=255) ccGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACACAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATAACGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCAtttc < 1:1359905/149‑3 (MQ=255) gCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTc < 2:1357468/150‑1 (MQ=255) ccTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGACCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCa < 2:1082548/150‑1 (MQ=255) ccTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGACCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCa < 2:1082426/150‑1 (MQ=255) tGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGACTTCGCGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAgg < 1:934070/150‑1 (MQ=255) tGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAgg > 2:34535/1‑150 (MQ=255) tGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAgg < 2:786513/150‑1 (MQ=255) gcCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCa > 2:476765/1‑137 (MQ=255) gcCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCa < 1:476765/137‑1 (MQ=255) gcCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCcac < 1:913825/150‑1 (MQ=255) aGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCCACATGCTc < 1:34535/150‑1 (MQ=255) aGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCCACATGCTc > 2:528870/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACg < 2:726728/108‑1 (MQ=255) gTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACg > 1:726728/1‑108 (MQ=255) ccAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCCACATGCTCGTg < 2:1553154/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCCCTGCGTGCTACTGAGGGGCGTCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCCACATGCTCGTGc < 2:1172948/150‑1 (MQ=255) cAGCTGACCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCCACATGCTCGTGc > 1:38096/1‑150 (MQ=255) gCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTa < 2:265250/113‑1 (MQ=255) gCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTa > 1:265250/1‑113 (MQ=255) | TCGAGCCCATGCCGGGGTGCGGCAGCGAAGCCTTGAGGAACGGGGAGTCAGCCTGTTCCATGTAGCGTCCCACCGGATAGCCGTCGACGCGCAGTTCGTTACGGATGCCGTGGTTCGCCTGGACAATGGCGCCAACAGTCCAGCTGCCCTGAGTGCTACTCAGGCGCCGCGATGCGGTGCCGATACCGCCCTTGAATTCGTGGCAGATCATGCCGCTGCCACCACCGACCGCGCCCTCGATAACGGGCCCAATTACAGCATTACTCAGGGCTTCGGCCACATGCTCGTGC > NC_002947/4367350‑4367639 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |