| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,039,701 | A→C | 6.6% | I284S (ATC→AGC) ‡ | PP_4446 ← | group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,039,701 | 0 | A | C | 6.6% | 179.9 / 5.0 | 62 | I284S (ATC→AGC) ‡ | PP_4446 | group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/31); new base C (2/2); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
TACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAACGTCTC > NC_002947/5039555‑5039849 | tACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCAGCGCTCAGCCGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATgg < 2:951281/150‑1 (MQ=255) ggCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCAt < 1:1242062/150‑1 (MQ=255) gacgTTGGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGAGGGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGCTCATGACggg > 1:1162303/1‑148 (MQ=255) ttGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGgtgt < 1:1388894/150‑1 (MQ=255) tGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTc < 1:612466/136‑1 (MQ=255) tGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTc > 2:612466/1‑136 (MQ=255) gggCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACTACCCGTGTGAGCCATTGCCCATGAACCCATCTGGGTTCaagg < 1:433539/137‑4 (MQ=255) gggCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACTACCCGTGTGAGCCATTGCCCATGAACCCATCTGGGTTCaagg > 2:433539/1‑134 (MQ=255) gggCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGt < 2:642881/131‑1 (MQ=255) gggCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGt > 1:642881/1‑131 (MQ=255) gggCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCa < 1:194804/150‑1 (MQ=255) gCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGc < 1:735973/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTc > 1:794921/1‑150 (MQ=255) gccgccATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCAt < 2:794921/150‑1 (MQ=255) 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aaaaCCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCAt > 2:1288706/1‑150 (MQ=255) ccAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATcc < 1:292380/116‑1 (MQ=255) ccAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATcc > 2:292380/1‑116 (MQ=255) tgtCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGc < 1:1341371/117‑1 (MQ=255) tgtCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGc > 2:1341371/1‑117 (MQ=255) tCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATcgc < 1:1065379/127‑1 (MQ=255) tCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATcgc > 2:1065379/1‑127 (MQ=255) aGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCTGt < 1:1642581/150‑1 (MQ=255) gatctCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCCTCGCCAGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTc < 1:1526093/146‑1 (MQ=255) tttCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGcttc < 1:1223478/135‑1 (MQ=255) tttCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGcttc > 2:1223478/1‑135 (MQ=255) ttCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCa < 2:1533220/150‑1 (MQ=255) ccGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGAc < 1:1101230/78‑1 (MQ=255) ccGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGAc > 2:1101230/1‑78 (MQ=255) ccGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCgagatc > 2:1526093/1‑145 (MQ=255) ggCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCa < 1:900022/145‑1 (MQ=255) ggCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCa > 2:900022/1‑145 (MQ=255) ggTAATGGAAGTAACCACTCACAACCCGAGCGCCACAATGCCATTGACACCAGGTGGGATCAGGAGGTCGGTTTTTCAGCTCAGCCCGCATGGCCAGCCGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTACTTGAAACCCAc > 2:186283/1‑150 (MQ=255) tAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATcg > 2:382600/1‑103 (MQ=255) tAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATcg < 1:382600/103‑1 (MQ=255) aTTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGc > 1:1609495/1‑90 (MQ=255) aTTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGc < 2:1609495/90‑1 (MQ=255) gAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCAt > 1:602583/1‑105 (MQ=255) gAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCAt < 2:602583/105‑1 (MQ=255) gTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGgt < 1:92072/62‑1 (MQ=255) gTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGgt > 2:92072/1‑62 (MQ=255) tAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCCGTATTTGACAACCACAGCTTCTGtta > 2:506402/1‑149 (MQ=255) aCCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGaaa < 2:610198/132‑1 (MQ=255) aCCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTAGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGaaa > 1:610198/1‑132 (MQ=255) ccaccCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGAATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGAAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTacaac < 2:58872/150‑1 (MQ=255) caccCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTacaaca > 1:887811/1‑150 (MQ=255) cccGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGt < 1:1288706/150‑1 (MQ=255) tgAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGa > 2:893149/1‑150 (MQ=255) ccATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGcc > 2:1424818/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCTGTGTTTGAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCa < 1:588990/150‑1 (MQ=255) ttGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGcc < 2:1072146/147‑1 (MQ=255) ttGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGcc > 1:1072146/1‑147 (MQ=255) cccTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCa < 1:1328757/95‑1 (MQ=255) cccTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCa > 2:1328757/1‑95 (MQ=255) ttGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTc < 1:1399659/150‑1 (MQ=255) ccAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAACGt > 1:1391020/1‑150 (MQ=255) gATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAACGtctc < 1:506402/150‑1 (MQ=255) | TACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAACGTCTC > NC_002947/5039555‑5039849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |