| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1156328 = | 23 (0.390) | 14 (0.300) | 12/214 | 2.9 | 40.8% | intergenic (+25/‑191) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
| ? | NC_002947 | 1156401 = | 22 (0.470) | intergenic (+98/‑118) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase | |||||
GGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGA > NC_002947/1156262‑1156543 | gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGCAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCACAg < 1:190138/150‑1 (MQ=255) gcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAg > 1:756717/1‑148 (MQ=255) gcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAg < 2:756717/148‑1 (MQ=255) ggcTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATGGAGTTTTTGGGTTGCCTGTGCGGGCTGCTTCGCGGGTGGACCCGCTCCTACAACGACCGGGTCAGGTTTGCGGCGTAGAAGCGGGGTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGt < 2:115432/148‑1 (MQ=38) tATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑c > 2:217676/1‑122 (MQ=255) tATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑c < 1:217676/122‑1 (MQ=255) gggCTTCTTCGCGTGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTg > 2:1401178/1‑135 (MQ=255) gggCTTCTTCGCGTGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTg < 1:1401178/135‑1 (MQ=255) gggtgaacccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCAt < 1:73313‑M2/68‑1 (MQ=255) gggtgaacccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCAt > 2:73313‑M2/67‑134 (MQ=255) CCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt > 1:1095570‑M1/1‑115 (MQ=255) CCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 2:1095570‑M1/115‑1 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaAGCCCGCACAGGCACCCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCa > 1:339886‑M2/59‑150 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACt > 1:1354791‑M1/1‑86 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACt < 2:1354791‑M1/86‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc < 1:1410077‑M1/112‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc > 2:1410077‑M1/1‑112 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 2:1292691‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 1:60081‑M1/150‑1 (MQ=255) gctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc > 1:348132‑M2/57‑103 (MQ=255) gctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc < 2:348132‑M2/47‑1 (MQ=255) gctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 2:1221883‑M2/56‑1 (MQ=255) gctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt > 1:1221883‑M2/57‑112 (MQ=255) tcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGTCATCCGCCATGCCCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGa > 1:527754‑M2/55‑150 (MQ=255) TCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGa < 2:762601‑M1/150‑1 (MQ=255) cctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGAc > 1:1298082‑M2/54‑150 (MQ=255) CTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa < 1:991053‑M1/78‑1 (MQ=255) CTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa > 2:991053‑M1/1‑78 (MQ=255) CTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACt < 1:1048549‑M1/150‑1 (MQ=255) CTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACt < 1:1139320‑M1/150‑1 (MQ=255) tacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGcc > 2:1426014‑M2/52‑117 (MQ=255) tacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGcc < 1:1426014‑M2/66‑1 (MQ=255) tacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTg > 1:262158‑M2/52‑150 (MQ=255) TACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTg < 2:655190‑M1/150‑1 (MQ=255) ACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTgg > 1:594463‑M1/1‑150 (MQ=255) CAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGGCAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGc < 1:1084363‑M1/150‑1 (MQ=255) aaCGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCa > 2:1219402/1‑150 (MQ=255) gcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaAGCCCGCACAGGCACCCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAg < 2:339886‑M2/105‑1 (MQ=255) gACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGt > 2:99803/1‑80 (MQ=255) gACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGt < 1:99803/80‑1 (MQ=255) caaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGa < 2:262158‑M2/106‑1 (MQ=255) cGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGccc < 1:641274/74‑1 (MQ=255) cGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGccc > 2:641274/1‑74 (MQ=255) cGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc < 1:725444/89‑1 (MQ=255) cGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc > 2:725444/1‑89 (MQ=255) gAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCa > 1:1333328/1‑150 (MQ=255) gTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCa > 1:673929/1‑106 (MQ=255) gTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCa < 2:673929/106‑1 (MQ=255) gTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAg < 1:1219402/150‑1 (MQ=255) gTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa > 1:633683/1‑60 (MQ=255) gTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa < 2:633683/60‑1 (MQ=255) tttGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACGGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGcc > 1:1318005/1‑150 (MQ=255) aggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGAccccc < 2:1298082‑M2/127‑1 (MQ=255) ggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAAATCCAGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAAcc > 1:1173837‑M2/17‑150 (MQ=255) acccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGAccccc < 2:1072871‑M2/127‑1 (MQ=255) acccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGAccccc > 1:1072871‑M2/12‑138 (MQ=255) acccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAt < 2:1333328‑M2/139‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCGCTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAg < 2:364305‑M2/111‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCGCTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAg > 1:364305‑M2/10‑120 (MQ=255) gcgaagaAGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGa > 2:531184‑M2/8‑150 (MQ=255) gaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTg < 2:1037790‑M2/99‑1 (MQ=255) gaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTg > 1:1037790‑M2/3‑101 (MQ=255) | GGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGA > NC_002947/1156262‑1156543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |