| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,964,155 | Δ1 bp | coding (1248/1476 nt) | fleQ ← | transcriptional regulator FleQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,964,154 | 0 | G | . | 96.2% | 222.6 / ‑0.0 | 53 | coding (1249/1476 nt) | fleQ | transcriptional regulator FleQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base . (28/23); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAACGTTCAGCCGCGCGCGCAACGATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGC > NC_002947/4964012‑4964291 | aaaCGTTCAGCCGCGCGCGCAACGATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGa > 1:23387/1‑150 (MQ=255) ccGCGCGCGCAACGATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGTCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCAcgcg > 1:637886/1‑150 (MQ=255) gATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCg > 2:223590/1‑150 (MQ=255) gATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCg > 2:594038/1‑150 (MQ=255) tACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCt < 2:873187/150‑1 (MQ=255) cATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCACGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGGCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCt > 2:520717/1‑150 (MQ=255) aTCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTg > 1:1100422/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGAACGCAGCTTTCTGTGAAGTTTGGTGTGT‑GCTATTGATCGCAAAGCGGAACTGCAGGCGTCTGCGCAGGCTGTCGAcc > 1:594415/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCa < 1:223590/150‑1 (MQ=255) gctgGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTc < 2:1100422/150‑1 (MQ=255) gctgGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTc < 2:23387/150‑1 (MQ=255) gATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTATGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCt < 1:780813/150‑1 (MQ=255) gATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTGCTGGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCt > 1:809981/1‑150 (MQ=255) tccggCGCTCCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTc < 2:637886/147‑1 (MQ=255) tCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATTGCCACTTTCTCTTCCAGGTCGCTTCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTc < 2:1018182/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTc < 1:673473/150‑1 (MQ=255) ccTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATc > 2:581149/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATc > 1:729325/1‑150 (MQ=255) ccAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCt < 2:377592/108‑1 (MQ=255) ccAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCt > 1:377592/1‑108 (MQ=255) tCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCa > 1:318190/1‑150 (MQ=255) cTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGTTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGACC‑TGGACCTCGACGCTCGCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGt < 1:594038/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATttcttc < 2:305946/144‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATttcttc > 1:305946/1‑144 (MQ=255) ttGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGtt > 1:865794/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTc < 2:1133422/111‑1 (MQ=255) ccAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTc > 1:1133422/1‑111 (MQ=255) aGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGc > 2:906309/1‑150 (MQ=255) gCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCa > 2:401045/1‑150 (MQ=255) cTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCg < 2:842422/106‑1 (MQ=255) cTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCg > 1:842422/1‑106 (MQ=255) cTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAAt < 1:581149/150‑1 (MQ=255) caTGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATttc < 2:555468/114‑1 (MQ=255) caTGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATttc > 1:555468/1‑114 (MQ=255) gTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGAc < 1:1141387/68‑1 (MQ=255) gTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGAc > 2:1141387/1‑68 (MQ=255) gTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATc < 1:906309/150‑1 (MQ=255) gCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACggg < 1:396127/138‑1 (MQ=255) gCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACggg > 2:396127/1‑138 (MQ=255) cTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGACCCGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGCGCATGATCGCCa > 2:318437/1‑150 (MQ=255) tGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGccc > 1:589663/1‑149 (MQ=255) tGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTg < 1:490845/58‑1 (MQ=255) tGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTg > 2:490845/1‑58 (MQ=255) tGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCAt < 2:470464/150‑1 (MQ=255) tGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCAt > 1:470464/1‑150 (MQ=255) tGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTGCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCAt < 2:553449/150‑1 (MQ=255) aaGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATgc > 1:934503/1‑150 (MQ=255) gTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTc > 2:376155/1‑107 (MQ=255) gTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTc < 1:376155/107‑1 (MQ=255) tttGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCg > 1:723964/1‑99 (MQ=255) tttGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCg < 2:723964/99‑1 (MQ=255) gtgtgt‑GCCATTGATCGCTACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCt < 1:1088544/59‑1 (MQ=38) gtgtgt‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCt > 2:1088544/1‑59 (MQ=255) | AAACGTTCAGCCGCGCGCGCAACGATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGC > NC_002947/4964012‑4964291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |