| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1156352 | 24 (0.520) | 12 (0.320) | 10/214 | 2.5 | 37.8% | intergenic (+49/‑167) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
| ? | NC_002947 | = 1156375 | 20 (0.540) | intergenic (+72/‑144) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase | |||||
CCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGC > NC_002947/1156216‑1156501 | ccATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCa > 2:1123248/1‑150 (MQ=255) cATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAg > 2:168039/1‑150 (MQ=255) cATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCCCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAg < 1:1056256/150‑1 (MQ=255) cATAGCCAGGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAg < 1:1122704/150‑1 (MQ=255) aTAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGCGGCCGCTCCGCTAACGACCGAGTCAgg > 2:1122704/1‑150 (MQ=255) gCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGttt > 2:655383/1‑150 (MQ=255) cATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactaggtc > 1:1061862‑M1/1‑130 (MQ=255) cATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGc < 1:168039/150‑1 (MQ=255) gAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtagga > 1:655383‑M2/1‑144 (MQ=255) tGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgg < 1:133687‑M1/150‑34 (MQ=255) tGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactaggtcgttgtaggagcgg < 2:1061862‑M1/150‑34 (MQ=255) cTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttc < 1:494412‑M1/150‑38 (MQ=255) cTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcggg > 2:674828‑M1/1‑113 (MQ=255) cTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcggg < 1:674828‑M1/147‑35 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaa > 1:1123248‑M2/1‑127 (MQ=255) gggAGTGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 1:308481/150‑1 (MQ=255) ccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagc > 1:339976‑M1/1‑77 (MQ=255) ccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagc < 2:339976‑M1/108‑32 (MQ=255) ccGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGt < 1:815681/150‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgg > 2:136960‑M1/1‑54 (MQ=255) aTTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgg < 1:136960‑M1/87‑34 (MQ=255) gTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtagga < 2:448981‑M1/69‑30 (MQ=255) gTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtagga > 1:448981‑M1/1‑40 (MQ=255) tgtgCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCGCCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCa > 1:1091336/1‑150 (MQ=255) ttcttcGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGc > 2:298768/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcagg > 1:1123248‑M1/1‑23 (MQ=255) ttcGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAACACGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTgg > 1:65051/1‑150 (MQ=255) tcGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGcc < 2:1110546/136‑1 (MQ=255) tcGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGcc > 1:1110546/1‑136 (MQ=255) gggTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCAt < 1:48967/134‑1 (MQ=255) gggTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCAt > 2:48967/1‑134 (MQ=255) gTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAcc > 2:325363/1‑80 (MQ=255) gTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAcc < 1:325363/80‑1 (MQ=255) gAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaag < 1:494412‑M2/150‑114 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgcaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaag < 1:674828‑M2/147‑114 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgcaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaag > 2:674828‑M2/1‑34 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCa > 2:72986/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCTAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctca < 2:1061862‑M2/150‑118 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctca < 1:133687‑M2/150‑118 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaat > 2:136960‑M2/1‑33 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaat < 1:136960‑M2/87‑55 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa > 2:519401/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagg < 2:339976‑M2/108‑78 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagg > 1:339976‑M2/1‑31 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc > 2:325429/1‑103 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc < 1:325429/103‑1 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAAc < 2:1091336/150‑1 (MQ=255) tCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcacctc > 1:655383‑M1/1‑6 (MQ=255) tCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcac > 1:448981‑M2/1‑29 (MQ=255) tCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcac < 2:448981‑M2/69‑41 (MQ=255) cAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGc > 1:253313/1‑150 (MQ=255) | CCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGC > NC_002947/1156216‑1156501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |