| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5537105 | 40 (0.870) | 8 (0.220) | 9/210 | 2.7 | 20.3% | intergenic (+34/+69) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
| ? | NC_002947 | = 5537127 | 31 (0.850) | intergenic (+56/+47) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin | |||||
AGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTT > NC_002947/5536986‑5537275 | aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg > 2:469270‑M2/1‑142 (MQ=255)aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattagaat > 1:39458‑M2/1‑142 (MQ=255)aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCCCGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg > 1:878571‑M2/1‑142 (MQ=255) ccGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggt < 1:553565‑M2/150‑11 (MQ=255) gTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaa > 1:194466‑M2/1‑137 (MQ=255) tGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacc > 1:346829‑M2/1‑135 (MQ=255) gACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaaccc > 1:215554‑M2/1‑134 (MQ=255) cAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgct < 1:43647‑M2/150‑20 (MQ=255) aGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctc > 1:1071882‑M2/1‑130 (MQ=255) gCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGCGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcct > 1:949656‑M2/1‑128 (MQ=255) cGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTattcgcgggtgaacccgctcctgcag > 1:409512‑M2/1‑124 (MQ=255) gTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcagg < 2:907534‑M2/150‑28 (MQ=255) ttCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg < 1:1139566‑M2/130‑9 (MQ=255) ttCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg > 2:1139566‑M2/1‑122 (MQ=255) catcatCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcggg < 1:551840‑M2/126‑10 (MQ=255) catcatCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcggg > 2:551840‑M2/1‑117 (MQ=255) tcgtcgCCACCTCCCGCAAGACCCAGCACAAGCGTGAACTGCCGTCCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCa < 1:23375/150‑1 (MQ=255) tcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg < 1:891941‑M2/117‑9 (MQ=255) tcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg > 2:891941‑M2/1‑109 (MQ=255) cGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACtt < 2:55911/150‑1 (MQ=255) cAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGa < 2:553565/150‑1 (MQ=255) ccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcag > 1:862838‑M2/1‑90 (MQ=255) ccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcag < 2:862838‑M2/116‑27 (MQ=255) ccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGa < 1:907534/150‑1 (MQ=255) cAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGAc > 2:345179/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCAAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGc < 1:777880/139‑1 (MQ=255) tGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCAAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGc > 2:777880/1‑139 (MQ=255) ccGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCCGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcag < 1:209864‑M2/97‑27 (MQ=255) ccGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcag > 2:209864‑M2/1‑71 (MQ=255) cGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCgag < 1:345179/150‑1 (MQ=255) ttCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGcc > 2:1010362/1‑102 (MQ=255) ttCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGcc < 1:1010362/102‑1 (MQ=255) cGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGAtgt < 2:43647/150‑1 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGtt > 2:530662/1‑93 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGtt < 1:530662/93‑1 (MQ=255) cTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCCCCGGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTATGATTAATTGACGATTACCTTGCTTTTCATCGTCGAGATGTGGacc > 1:255387/1‑150 (MQ=38) gCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAtt < 1:42852/98‑1 (MQ=255) gCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAtt > 2:42852/1‑98 (MQ=255) gCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAt < 1:287959/108‑1 (MQ=255) gCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAt > 2:287959/1‑108 (MQ=255) cTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCaga > 2:340553/1‑150 (MQ=255) tGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGAGTGAACGCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCagaa > 1:506468/1‑150 (MQ=255) cAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGGCCTTGCCGGTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGCTGCcgaaga > 2:986773/1‑150 (MQ=38) aGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAgaagaa < 1:267384/150‑1 (MQ=255) aGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAgaagaa < 1:267466/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAATACGGGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTg < 1:248173/150‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaa < 2:100249‑M2/150‑115 (MQ=255) ttCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTc < 1:340553/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaacc > 2:409512‑M2/1‑34 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttg > 1:836729‑M2/1‑30 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttg < 2:836729‑M2/104‑75 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac > 2:37251/1‑150 (MQ=255) cgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcc < 2:1039323‑M2/150‑124 (MQ=255) aaTACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcggcgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcc > 2:1134542‑M2/1‑25 (MQ=255) aaTACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcggcgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcc < 1:1134542‑M2/148‑124 (MQ=255) gTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 1:37251/150‑1 (MQ=255) ccGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCg > 1:944224/1‑150 (MQ=255) gACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGaa < 2:255387/150‑1 (MQ=255) ctcGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCgaga < 1:911711/84‑1 (MQ=255) ctcGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCgaga > 2:911711/3‑86 (MQ=255) gCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcccatgcaggaaggcatcgatctgcgc > 1:1039323‑M2/1‑2 (MQ=255) | AGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTT > NC_002947/5536986‑5537275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |