Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,218,711 | Δ1 bp | 5.9% | intergenic (+51/+32) | oprJ → / ← nfxB | outer membrane protein OprJ/HTH‑type transcriptional regulator NfxB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,218,711 | 0 | G | . | 5.9% | 274.6 / 10.8 | 85 | intergenic (+51/+32) | oprJ/nfxB | outer membrane protein OprJ/HTH‑type transcriptional regulator NfxB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/39); new base . (2/3); total (43/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
GTGAACGAAGCAGCCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCGCGCTGGCCGCCCGCCCGCGTCGTTCGGCATCGACGATGCCGTACACCATGCTCA > NC_002947/3218562‑3218858 | gTGAACGAAGCAGCCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATg < 1:1843004/150‑1 (MQ=255) gTGAACGAAGCAGCCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATg > 1:479308/1‑150 (MQ=255) aaCGAAGCAGCCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGccc > 1:39515/1‑150 (MQ=255) gAAGCAGCCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTgg < 2:541515/150‑1 (MQ=255) aaGCAGCCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGGCATCGAT‑CCCTggg < 2:599285/150‑1 (MQ=255) aaGCAGCCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTggg < 1:970382/150‑1 (MQ=255) gcagcCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGt > 1:1270624/1‑150 (MQ=255) cagcCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGtt > 2:643529/1‑150 (MQ=255) cagcCTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGtt > 2:1449416/1‑150 (MQ=255) ccTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGttttt < 1:924498/150‑1 (MQ=255) cTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGtttttt > 2:2010875/1‑150 (MQ=255) cTTCATCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGtttttt > 1:1198076/1‑150 (MQ=255) ttctgcGAAGCCCGTACACAGCAACGACTGGCGTTGCACAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGGGGCTGGCCGCGGAGGGGCTGAAACAGCGTCCTTTGGTTGGCTTGTACGGCCACTTGGCCCCAACG‑TTCGATGCCTTCGGGttttttt < 2:885075/145‑1 (MQ=255) aTCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGc < 1:775139/150‑1 (MQ=255) tCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTgg > 1:1475922/1‑148 (MQ=255) tCGAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTgg < 2:1475922/148‑1 (MQ=255) gAAGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTgg > 2:1781557/1‑150 (MQ=255) aaGCCAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGt < 2:2270124/150‑1 (MQ=255) ccAGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGaa < 1:1449416/150‑1 (MQ=255) aGTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAgg > 1:1208772/1‑150 (MQ=255) aGTACCCAGCGACAACTGGCGCTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTCTTTTTGGCTGGTGAAgg < 2:1198076/150‑1 (MQ=255) gTACCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGc < 2:2056257/150‑1 (MQ=255) aCCCAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAg < 1:1822285/150‑1 (MQ=255) cccAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGTCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAgg > 2:2027141/1‑150 (MQ=255) ccAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCTGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGcc > 1:1122246/1‑120 (MQ=255) ccAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGcc < 2:1122246/120‑1 (MQ=255) ccAGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGt > 1:696598/1‑150 (MQ=255) aGCGACAACTGGCGTTGGTCAACCAGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTGTTTTGGGTGGTGAAGGCAGGtta > 2:717788/1‑148 (MQ=255) cGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCagc < 2:479308/150‑1 (MQ=255) cGACAACTGGCGTTGGTCAACCTGTTCCCCCGCCTCCGAGGTGGATGGCGGCGTAATGGCTTTAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCagc < 2:1551528/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGtt < 1:564856/117‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGtt > 2:564856/1‑117 (MQ=255) tGGCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCggg > 2:2020082/1‑150 (MQ=255) gCGTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTg > 2:269979/1‑150 (MQ=255) gTTGGTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGcc > 2:411031/1‑150 (MQ=255) ggTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCgca < 2:39515/150‑1 (MQ=255) gTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGc > 2:698586/1‑145 (MQ=255) gTCAACCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGc < 1:698586/145‑1 (MQ=255) aaCCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGt > 1:1324968/1‑128 (MQ=255) aaCCTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGt < 2:1324968/128‑1 (MQ=255) ccTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCg > 2:2316410/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGt < 1:643529/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAg < 1:308713/150‑1 (MQ=255) gcgcACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGGCATCGAT‑CCCTggg > 2:1329333/1‑93 (MQ=255) gcgcACTCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGGCATCGAT‑CCCTggg < 1:1329333/93‑1 (MQ=255) tCGGCGGCGGCTGGCCGAGCAAGGGCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAagcag < 1:402741/150‑1 (MQ=255) 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gCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGa < 2:1257388/116‑1 (MQ=255) gCTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGa > 1:1257388/1‑116 (MQ=255) cTGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTcgcg > 1:1316251/1‑150 (MQ=255) tGAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCgcgc < 2:1316251/150‑1 (MQ=255) gAAACAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCGCGCt < 2:1208772/150‑1 (MQ=255) aaCAGCCTCCTTTGGTTGGCTTGTCCAGCCACTTGGCCCCAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCGCGCTgg > 1:691800/1‑150 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(MQ=255) ccAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTTTCTTTTTAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGTCGTCCCGCTGGCCGCCCGCCCGCGTCGTTCGGCATCCACGATGCAGtcc > 2:838944/1‑148 (MQ=255) ccAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAACGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCGCGCTGGCCGCCCGCCCGCGTCGTACGGCATCGTCGATGCCGAac < 1:636312/150‑1 (MQ=255) ccAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCGCGCTGGCCGCCCGCCCGCGTCGTACGGCATCGTCGATGCCgaa > 1:860105/1‑147 (MQ=255) ccAGGG‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCGCGCTGGCCGCCCGCCCGCGTCGTACGGCATCGTCGATGCCgaa < 2:860105/149‑3 (MQ=255) ggg‑ATCGATGCCCTGGGGTTTTTTTGGCTGGTGAAGGCAGGTCAGCGAGCGGGTGCCGCAGCACCGTCGAGGAAAAGCAGCTCCAGCGTTTGCACGGACGTCGCGCTGGCCGCCCGCCCGCGTCGTTCGGCATCGACGATGCCGTACAcc > 2:985683/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |