| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1022665 = | 85 (0.960) | 4 (0.050) | 4/230 | NT | 5.1% | coding (1051/1635 nt) | dppA‑I | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_002947 | 1022695 = | 71 (0.870) | coding (1021/1635 nt) | dppA‑I | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
GCGGGTGAACAGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGATTTCTTCAACCT > NC_002947/1022552‑1022844 | gCGGGTGAACAGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGtt < 2:2057280/150‑1 (MQ=255)gCGGGTGAACAGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGtt < 1:968184/150‑1 (MQ=255)gCGGGTGAACAGGGCGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGtt < 2:1943239/150‑1 (MQ=255) gggTGGACAGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGc < 1:607737/150‑1 (MQ=255) ggTGAACAGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGcc > 2:1468249/1‑150 (MQ=255) ggTGAACAGGGTCATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGcc < 1:325920/150‑1 (MQ=255) gAACAGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAGGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCttt < 1:336796/150‑1 (MQ=255) aactcggTGATTACCGTGCCCGCGGGTACACCGGCCGGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCAGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCtgtg < 2:10798/145‑1 (MQ=255) gaatacccagcacaaatacctcaacgacgtgcgcgtgcgtaaagccatcaacatggccttcgaccgccagacccatgtcgaccaactgtttggcaaaggcaacgcactggtgggtgggtaagggtttacacccaccaGTGCGTTGCCttt < 2:1984769‑M2/13‑1 (MQ=255) cAGGGTGAGTACCTGGCCCGCGGGTATACGGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGGTTTATCGAGGTCGCTCGGTGGGTTCTGGTTATGTGTGTTTTTGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGGTTGC‑‑ACCCGCCAGTGCGTTGCCTTTGcc < 2:192355/150‑1 (MQ=255) aGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCa > 1:2170932/1‑150 (MQ=255) ggTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCaaa > 1:94660/1‑150 (MQ=255) ggTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCaaa > 1:1634694/1‑150 (MQ=255) cagcacaaatacctcaacgacgtgcgcgtgcgtaaagccatcaacatggccttcgaccgccagacccatgtcgaccaactgtttggcaaaggcaacgcacTGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGtt > 1:2063326‑M1/101‑137 (MQ=255) cagcacaaatacctcaacgacgtgcgcgtgcgtaaagccatcaacatggccttcgaccgccagacccatgtcgaccaactgtttggcaaaggcaacgcacTGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGtt < 2:2063326‑M1/37‑1 (MQ=255) tGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACa > 2:314377/1‑150 (MQ=255) tACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTg < 2:2170932/150‑1 (MQ=255) tACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTg < 1:314377/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTgg < 1:808720/150‑1 (MQ=255) cGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTc < 1:641651/150‑1 (MQ=255) gCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGAc < 1:1158816/150‑1 (MQ=255) tCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGGGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATgg > 1:900720/1‑150 (MQ=255) tCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTTGATCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGGTTAC‑‑ACCGACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATgg > 1:2273004/1‑150 (MQ=255) 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cacCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGt > 1:2005080/1‑135 (MQ=255) cacCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGt < 2:2005080/135‑1 (MQ=255) acCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCg < 1:335338/150‑1 (MQ=255) acCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCg > 1:468226/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTc < 1:1468249/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGaa > 1:491629/1‑150 (MQ=255) tGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAg > 2:1794770/1‑150 (MQ=255) tGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAg < 1:1794770/150‑1 (MQ=255) ggCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAgg < 2:880534/150‑1 (MQ=255) aGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGGCAGGGTGTAC‑‑ACCCACCGGTGCGGTGCCTTTGCCAAACAGGGGTTCGACATGGGGCTGGCGGGCGAAGGACaggatg > 2:722901/1‑145 (MQ=255) 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TGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGTTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGc > 1:722901‑M1/1‑150 (MQ=255) TGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCgg < 2:910526‑M1/74‑1 (MQ=255) TGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCgg > 1:910526‑M1/1‑74 (MQ=255) TGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGc < 2:1700805‑M1/150‑1 (MQ=255) GTGGGTGGGTAAGGGTTTAG‑‑AGTCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCg > 2:762748‑M1/1‑150 (MQ=255) GTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCg < 2:588551‑M1/150‑1 (MQ=255) 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aaGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTgg > 2:1159321/1‑119 (MQ=255) aaGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTgg < 1:1159321/119‑1 (MQ=255) gTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTc > 1:954939/1‑150 (MQ=255) ttAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGa > 2:2328998/1‑138 (MQ=255) ttAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGa < 1:2328998/138‑1 (MQ=255) ggcccaccaGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGAttt > 1:672539‑M2/10‑150 (MQ=255) acccaccaGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTacgc < 2:2320676‑M2/71‑1 (MQ=255) acccaccaGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTacgc > 1:2320676‑M2/9‑79 (MQ=255) cccaccaGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGAGATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGATttct > 1:1891878‑M2/8‑150 (MQ=255) ccaccaGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGa > 2:380218‑M2/7‑144 (MQ=255) ccaccaGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGa < 1:380218‑M2/138‑1 (MQ=255) aGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGATTTCTTCAAcc > 2:1771493‑M2/2‑150 (MQ=255) aGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGATTTCTTCAAcc < 2:954939‑M2/149‑1 (MQ=255) gTGCGTTGCCCTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGAGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTAAGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTAATCATAGCGATGTAGCAGGTGAACAGGGCCTCGATTTGTTCAAGCt > 2:890272/1‑150 (MQ=255) | GCGGGTGAACAGGGTGATTACCGTGCCCTCGGGTACACCGGCCTGGCTGAGCAGTGCGCGGGCTTTATCGAGGTCGCGCGGTGGGTTCTGGTTATGGGTGTTGTAGCCGATCATGGTGGGTGGGTAAGGGTTTAC‑‑ACCCACCAGTGCGTTGCCTTTGCCAAACAGTTGGTCGACATGGGTCTGGCGGTCGAAGGCCATGTTGATGGCTTTACGCACGCGCACGTCGTTGAGGTATTTGTGCTGGGTATTCATGGCGATGTAGCCGGTGACCAGGGCCTCGATTTCTTCAACCT > NC_002947/1022552‑1022844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |