| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1844179 | 1 (0.010) | 79 (0.930) | 66/240 | NT | 62.7% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 2177745 = | 93 (1.090) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
ACTCGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCCA > NC_002947/2177599‑2177894 | aCTCGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTTCCAGGAACGAGTCCTGCGCCGCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACATCGTTTTCTTAGACACCTCAAACGGCTGCAAAGGGTCCAGa > 1:743020/1‑150 (MQ=255) tCGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACt > 1:1836229/1‑150 (MQ=255) cGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACtg < 2:1836229/150‑1 (MQ=255) ttcgatggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgt < 1:1135437‑M2/8‑1 (MQ=255) tggatggtttccaggttctggcgcacgtcgtcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgtg < 2:892853‑M2/9‑1 (MQ=255) tgtCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACtgtgt < 1:1459562/150‑1 (MQ=255) tgatggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgtgt < 1:1881939‑M2/10‑1 (MQ=255) cgatggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgtgt < 2:1518159‑M2/10‑1 (MQ=255) cgatggtttccagggtctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgttgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgtgt < 2:230668‑M2/10‑1 (MQ=255) gatggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgtgtg > 1:2241838‑M2/140‑150 (MQ=255) atggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgccaagggtcCgaactgtaaaa > 2:1881939‑M2/139‑146 (MQ=255) tttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAAc < 1:2302955‑M2/16‑1 (MQ=255) ccaggttctggcgcacgtcttcggtggccttgtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGcc < 1:1217897‑M2/19‑1 (MQ=255) gTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCcg > 1:556246/1‑150 (MQ=255) tCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGtt > 1:587316/1‑150 (MQ=255) tggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgtgtg < 1:904966‑M2/11‑1 (MQ=255) gCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGt < 2:1455501/150‑1 (MQ=255) gcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGtt < 2:579724‑M2/26‑1 (MQ=255) cACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGCCAAACTGTATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAc < 1:1898176/150‑1 (MQ=255) tcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCtt < 1:511194‑M2/36‑1 (MQ=255) ttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagtgcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttccgctagctcattgctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCt < 2:902910‑M2/38‑1 (MQ=255) tGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCACCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGgtcgtc < 2:1429401/150‑1 (MQ=255) ctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTcgtcgt > 1:1025738‑M2/104‑150 (MQ=255) 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tctcAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTg < 1:1537733/150‑1 (MQ=255) tgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTcgtcgt < 1:1013134‑M2/47‑1 (MQ=255) ctcAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTgg < 1:140715/150‑1 (MQ=255) tcAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg > 2:2264187/1‑150 (MQ=255) tcAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg > 1:67427/1‑150 (MQ=255) gctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg < 1:810377‑M2/56‑1 (MQ=255) ctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTgggg > 1:2104590‑M2/94‑150 (MQ=255) aGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCcgcg > 2:409786/1‑115 (MQ=255) gttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACaa < 2:920269‑M2/61‑1 (MQ=255) cccAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCa > 2:345871/1‑150 (MQ=255) 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gctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACt > 2:1994407‑M2/21‑150 (MQ=255) tcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTAc > 2:1823094‑M2/19‑150 (MQ=255) atggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGATGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTCCCGGATTGCCTGGACGACTACGt > 2:526545‑M2/17‑150 (MQ=255) gctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGTGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCAc < 1:2089162‑M2/137‑1 (MQ=255) gctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCAc > 1:459573‑M2/14‑150 (MQ=255) tGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTAc < 2:1719830/143‑1 (MQ=255) cccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGAt < 1:936628‑M2/141‑1 (MQ=255) cAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGAt < 1:447699/150‑1 (MQ=255) ccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATg > 1:281820‑M2/9‑150 (MQ=255) catggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTg < 2:1505365‑M2/54‑1 (MQ=255) catggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTg > 1:1505365‑M2/8‑61 (MQ=255) ggtcCAGAATGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCCGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGCAGCGATTCAGCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGCGCCTGGACGACTTCGTCACCGATTaaaa < 2:1305871‑M2/146‑1 (MQ=255) gtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAAc > 2:1564572‑M2/4‑150 (MQ=255) tcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAAcc < 1:34638‑M2/148‑1 (MQ=255) gcAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAAccc > 1:1241367/2‑150 (MQ=255) cAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCCa > 1:1906831/1‑150 (MQ=255) | ACTCGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCCA > NC_002947/2177599‑2177894 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |