| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,229,085 | G→C | 6.1% | E753D (GAG→GAC) | PP_1072 → | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,229,085 | 0 | G | C | 6.1% | 314.4 / 10.4 | 99 | E753D (GAG→GAC) | PP_1072 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/43); new base C (3/3); total (53/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTTTGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAG > NC_002947/1228937‑1229233 | gTTTGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGt < 2:2267891/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTg < 1:563435/150‑1 (MQ=255) gcatCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGgt < 1:1049314/147‑1 (MQ=255) gCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGgt < 2:1585122/150‑1 (MQ=255) gTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCa > 1:1069224/1‑137 (MQ=255) gTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCa < 2:1069224/137‑1 (MQ=255) aaTCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATc < 2:1182674/150‑1 (MQ=255) aTCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCg > 1:2258528/1‑150 (MQ=255) aTCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCg > 1:1375985/1‑150 (MQ=255) ccGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTg > 2:847852/1‑150 (MQ=255) cGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTgc < 1:2111516/150‑1 (MQ=255) ggACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGA‑CCCCGGCTGCAGCAGTGAGCATACCCTGCGCATCGAACGGGGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCTCAGGATGTACGGTGTATCGTgcg > 1:988818/1‑150 (MQ=255) acCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAgg < 2:784825/127‑1 (MQ=255) acCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAgg > 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(MQ=255) cTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGc > 1:795762/1‑150 (MQ=255) cTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGc > 2:84200/1‑150 (MQ=255) cTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTACCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGt < 1:2016043/134‑1 (MQ=255) cTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTACCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGt > 2:2016043/1‑134 (MQ=255) cTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATc < 2:2099074/150‑1 (MQ=255) 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2:364125/98‑1 (MQ=255) atcctgcgcAGACTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTg > 1:364125/6‑103 (MQ=255) tcctgcgcAGACTCTGCGCCGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCt > 2:1294061/5‑113 (MQ=255) tcctgcgcAGACTCTGCGCCGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCt < 1:1294061/109‑1 (MQ=255) tcGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTg > 1:93851/1‑150 (MQ=255) cGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGt < 2:1044491/150‑1 (MQ=255) tgcgcAGACTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGa > 2:367522/2‑131 (MQ=255) tgcgcAGACTCTGCGCAGGAGGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGa < 1:367522/130‑1 (MQ=255) ggCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTc > 1:790185/1‑150 (MQ=255) cAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTc < 2:9319/150‑1 (MQ=255) agagTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGTTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTcc > 1:1408747/1‑150 (MQ=255) agTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGCACATCCTGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTCCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGGGATGCCGCTGCCAGTCCAg > 2:1142692/1‑150 (MQ=255) gTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCa > 2:268766/1‑88 (MQ=255) gTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCa < 1:268766/88‑1 (MQ=255) | GTTTGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTG‑AAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAG > NC_002947/1228937‑1229233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |