Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,652,585 | A→G | 5.3% | I1409T (ATC→ACC) | PP_1449 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,652,585 | 0 | A | G | 5.3% | 280.0 / 3.1 | 94 | I1409T (ATC→ACC) | PP_1449 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/45); new base G (2/3); total (46/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 |
GTTGGACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCTTGCCTCCCAGCGGCC > NC_002947/1652437‑1652732 | gTTGGACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGAt < 2:1426443/150‑1 (MQ=255) ttGGACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATg > 2:183195/1‑150 (MQ=255) ttGGACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCACATGATCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATg > 2:233136/1‑150 (MQ=255) ttGGACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGGCGCCTTTGGCCGTCAGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATg > 2:1009989/1‑150 (MQ=255) tGGACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGGTgg < 1:1040476/150‑2 (MQ=255) ggACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGcc > 2:342564/1‑150 (MQ=255) ggACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGcc < 1:487171/150‑1 (MQ=255) cGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTc < 2:346901/150‑1 (MQ=255) ccAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTAGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGCACGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCgctgc > 2:776749/1‑150 (MQ=255) cAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCgctgct > 1:1540902/1‑150 (MQ=255) cAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCgctgct > 1:2157455/1‑150 (MQ=255) cAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACATGCAGGTCGATGCCGTCgctgct > 1:645874/1‑150 (MQ=255) aaCGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCtt > 2:2223443/1‑150 (MQ=255) 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cGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGt > 1:2153659/1‑150 (MQ=255) cTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGGCa < 2:273123/150‑1 (MQ=255) gTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCtgt > 2:517703/1‑150 (MQ=255) gTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGGTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCtgt < 1:1679265/150‑1 (MQ=255) tttCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCtgtg > 1:416454/1‑150 (MQ=255) 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ggcatcGACCTGCAGGTCGGTGGCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCttt < 2:906164/137‑1 (MQ=255) ggcatcGACCTGCAGGTCGGTGGCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCttt > 1:906164/6‑142 (MQ=255) ggcatcGACCTGCAGGTCGGTGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTggg > 2:313734/6‑112 (MQ=255) ggcatcGACCTGCAGGTCGGTGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTggg < 1:313734/107‑1 (MQ=255) ccACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGAcc < 2:2131890/150‑1 (MQ=255) aCCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCtt > 2:1442357/1‑150 (MQ=255) aCCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCtt > 1:2047830/1‑150 (MQ=255) cGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCTTGc < 2:1497775/150‑1 (MQ=255) gACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCTTGcc < 2:1587435/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCTTGCCTc > 1:991149/1‑150 (MQ=255) gCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCtgt > 1:889575/1‑59 (MQ=255) gCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCtgt < 2:889575/59‑1 (MQ=255) gCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGt < 2:1124758/102‑1 (MQ=255) gCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGt > 1:1124758/1‑102 (MQ=255) cGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCTTGCCTCCCAGCGGcc < 1:455084/150‑1 (MQ=255) | GTTGGACGCATCCAACGACAGGTCTCGGCGATAGTCATTGCCGCTTAGCGTTTCCTGGGTGACCGAGTTGGCGTCGAGCCTCACGTCGCCTTTGGCCGACTGTAAGCGTGCCCCCACCAGATGAGCGTTGCCACCGACCTGCAGGTCGATGCCGTCGCTGCTTTTAAGCGTGGTCTGACGCGCCACATTGTCACGCTGTGCATGCGACACGTCGAGGCTGACGGTCGGCGAGAACCCTGGGTCTGCCTTGCTCAGGGCCGAACCGGCCTTTTTCTCGACCTTGCCTCCCAGCGGCC > NC_002947/1652437‑1652732 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |