Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,748,740 | T→G | 5.1% | intergenic (‑31/‑301) | PP_1548 ← / → PP_5744 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,748,740 | 0 | T | G | 5.1% | 269.4 / 4.5 | 96 | intergenic (‑31/‑301) | PP_1548/PP_5744 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/46); new base G (3/2); total (48/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
GGCAGCGGCGACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTG > NC_002947/1748593‑1748887 | ggCAGCGGCGACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCt < 1:241755/150‑1 (MQ=255) gCAGCGGCGACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTg > 2:2099580/1‑150 (MQ=255) gcggcgACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGcc < 1:561229/150‑1 (MQ=255) gcggcgACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGcc < 2:2106397/150‑1 (MQ=255) ggcgACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCt < 2:1051631/150‑1 (MQ=255) cgACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGt < 1:1416573/150‑1 (MQ=255) aCGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTg > 1:1435127/1‑150 (MQ=255) cGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTAACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGc < 2:1911268/150‑1 (MQ=255) gTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGcc < 2:176186/150‑1 (MQ=255) gAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGAAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGGGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCacg > 2:232937/1‑148 (MQ=255) aaGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAgg < 2:1953128/150‑1 (MQ=255) aaGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAgg > 2:1487938/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGgcc > 1:174619/1‑150 (MQ=255) 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gATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAAt < 2:346042/150‑1 (MQ=255) gCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgt < 1:1016096/150‑1 (MQ=255) gCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgt < 2:1435127/150‑1 (MQ=255) ccTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgtg < 1:1600982/150‑1 (MQ=255) ccTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGACCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgtg > 1:584916/1‑150 (MQ=255) 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tCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCaa < 1:669300/150‑1 (MQ=255) cgGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGcc > 1:1271754/1‑150 (MQ=255) tCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCg < 1:2152486/150‑1 (MQ=255) cTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAAGAGTATTCCAAGCATTTGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCgg > 1:1799535/1‑150 (MQ=255) ccaccTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTg < 2:362776/129‑1 (MQ=255) ccaccTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTg > 1:362776/1‑129 (MQ=255) ccaccTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGACCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGa < 2:584916/150‑1 (MQ=255) accTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACa > 1:2218925/1‑150 (MQ=255) ccTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACAt > 2:355104/1‑150 (MQ=255) cTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATg > 2:1892552/1‑150 (MQ=255) 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aCCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGtt < 2:1799535/150‑1 (MQ=255) tttCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTcga < 1:233108/127‑1 (MQ=255) tttCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTcga > 2:233108/1‑127 (MQ=255) gCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGc > 1:2047664/1‑106 (MQ=255) gCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGc < 2:2047664/106‑1 (MQ=255) ccGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTc > 1:1474643/1‑150 (MQ=255) 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cAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCaa > 1:1617400/1‑150 (MQ=255) aGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGc > 2:739722/1‑115 (MQ=255) aGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGc < 1:739722/115‑1 (MQ=255) gCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGAGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCg > 1:2137750/1‑150 (MQ=255) tGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCtt > 1:2082583/1‑113 (MQ=255) tGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCtt < 2:2082583/113‑1 (MQ=255) tGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCg > 2:1902527/1‑150 (MQ=255) tGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCg < 1:2099580/150‑1 (MQ=255) ccgatcttGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCgg < 1:432803/144‑1 (MQ=255) gtgtTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGAtt < 1:2019576/150‑1 (MQ=255) gtTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTaa > 1:2065552/1‑150 (MQ=255) ttGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAAc > 1:952674/1‑150 (MQ=255) gCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCgg > 2:2214610/1‑142 (MQ=255) gCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCgg < 1:2214610/142‑1 (MQ=255) ccGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGgc < 2:2218925/150‑1 (MQ=255) tGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTg < 1:342794/57‑1 (MQ=255) tGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTg > 2:342794/1‑57 (MQ=255) gTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTccac > 2:533903/1‑115 (MQ=255) gTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTccac < 1:533903/115‑1 (MQ=255) ttGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCtggtg < 1:1487938/150‑1 (MQ=255) TTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTc > 2:952674‑M1/1‑150 (MQ=255) TTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTc > 1:2212946‑M1/1‑106 (MQ=255) TTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTc < 2:2212946‑M1/106‑1 (MQ=255) cc‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTGGGCGCCTGGTGGCTCATct > 2:1539518/1‑150 (MQ=255) c‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATctg > 1:183059/1‑150 (MQ=255) | GGCAGCGGCGACGTAGAAGGCGCCGTAGACGATCGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTC‑CC‑GTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGCCGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTG > NC_002947/1748593‑1748887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |