| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,996,057 | C→G | 5.3% | intergenic (‑260/+25) | PP_mr26 ← / ← rfbC | C4 ncRNA/dTDP‑4‑dehydrorhamnose 3,5‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,996,057 | 0 | C | G | 5.3% | 272.1 / 4.9 | 86 | intergenic (‑260/+25) | PP_mr26/rfbC | C4 ncRNA/dTDP‑4‑dehydrorhamnose 3,5‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/38); new base G (3/2); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GGGTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAGCGCTCG > NC_002947/1995911‑1996205 | gggTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGc > 1:1998686/1‑150 (MQ=255) tCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGccc > 1:814689/1‑150 (MQ=255) tCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGccc < 2:301182/150‑1 (MQ=255) tttGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGAATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCtt > 1:56722/1‑150 (MQ=255) tGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAGGGCTGCGGTAGCGCAGccttgtc < 2:1761431/150‑6 (MQ=255) tGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTtct < 1:211408/150‑1 (MQ=255) gggAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTtctc < 2:1682013/150‑1 (MQ=255) gggAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGATACAGAACGCGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTtctc < 2:1616039/150‑1 (MQ=255) gAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCg > 1:1140078/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGc > 2:1527808/1‑150 (MQ=255) gCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTaaaa > 1:277567/1‑150 (MQ=255) gCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTaaaa < 1:906181/150‑1 (MQ=255) ccgaCAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAAc > 1:2332204/4‑150 (MQ=255) ccTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAAc < 1:669970/150‑1 (MQ=255) tACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCg > 1:185310/1‑150 (MQ=255) tACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCg < 1:1527808/150‑1 (MQ=255) cAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGtt < 2:1140078/150‑1 (MQ=255) gaaggGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTc < 2:814689/150‑1 (MQ=255) ggCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACa < 2:485136/150‑1 (MQ=255) aTTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCCTTGTCAGAACGTGACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCg < 2:1814615/150‑1 (MQ=255) cTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTAGGCg > 2:1755901/1‑150 (MQ=255) tGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCGCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGt > 1:610937/1‑150 (MQ=255) tGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGt > 2:1524119/1‑150 (MQ=255) gATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTc > 1:9856/1‑150 (MQ=255) attattTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGGCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCa > 1:611945/1‑150 (MQ=255) attattTGCCAGGCCAGGCAGCGTTTGCTTCGTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCa < 1:704718/150‑1 (MQ=255) tGCCAGGCCAGGCAGCGGTTGCTTCTTAGTAGCGTGTGAAAAACGCCACCATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAAt < 1:627780/150‑1 (MQ=255) aGGCCATGCAGCGGTTGATTATTCGTGGCGCGACTGATACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGa < 2:611945/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTg < 2:12228/94‑1 (MQ=255) tGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTg > 1:12228/1‑94 (MQ=255) tGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAg < 1:2076927/150‑1 (MQ=255) gcTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAgcgc > 2:1672344/1‑150 (MQ=255) gcTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAgcgc > 2:94309/1‑150 (MQ=255) cTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAGCGCt > 2:832873/1‑150 (MQ=255) tACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAGCGCTc < 2:2001997/150‑1 (MQ=255) aCCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAGCGCTCg > 1:1965526/1‑150 (MQ=255) | GGGTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAGCGCTCG > NC_002947/1995911‑1996205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |