| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,551,264 | G→C | 5.8% | G125R (GGC→CGC) | PP_3135 → | glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,551,264 | 0 | G | C | 5.8% | 362.3 / 10.4 | 114 | G125R (GGC→CGC) | PP_3135 | glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/57); new base C (3/4); total (53/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGAGTGTGACTGGTTGCC > NC_002947/3551116‑3551412 | ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATgg > 2:1531940/1‑150 (MQ=255)ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATgg > 1:1789591/1‑150 (MQ=255) cAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAACTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGAGATGGc < 1:489798/150‑1 (MQ=255) aGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATgg < 1:1025996/148‑1 (MQ=255) aGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATgg > 2:1025996/1‑148 (MQ=255) ttgttgGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGAc < 1:2093092/150‑1 (MQ=255) ttgGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTg > 2:1103693/1‑150 (MQ=255) aCCTCAAGGTCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATCCCGTCGTTGCCGCCGACCAGCGGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGATTGCGGCGTACTGGGGGTCCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCa < 2:1821702/150‑1 (MQ=255) 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ggcgTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTc < 2:52037/132‑1 (MQ=255) ggcgTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTc > 1:52037/1‑132 (MQ=255) cgTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCa < 2:1875428/150‑1 (MQ=255) gTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCAc < 2:449136/150‑1 (MQ=255) tACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAgg > 1:1403374/1‑115 (MQ=255) cgcCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTgcgc < 1:1540013/150‑1 (MQ=255) gcCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGAt > 1:1978592/1‑112 (MQ=255) gcCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGAt < 2:1978592/112‑1 (MQ=255) tgcaggTCGCCATCGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCAACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAggg < 2:780431/96‑1 (MQ=255) tgcaggTCGCCATCGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCAACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAggg > 1:780431/5‑100 (MQ=255) gAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCACAGTTGTCGCAACATCTGACGACCGCTGAAGGTGTTCGTCGGGCGCCCCTGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGAgtgt < 1:1103693/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCCATTGGCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGAGTGTGAc > 1:1592812/1‑150 (MQ=255) ggTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTgg > 2:2145390/1‑123 (MQ=255) ggTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTgg < 1:2145390/123‑1 (MQ=255) ggTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGAGTGTGAc < 2:980383/150‑1 (MQ=255) tCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGaa > 1:1210781/1‑99 (MQ=255) tCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGaa < 2:1210781/99‑1 (MQ=255) tCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTAAATGTGTTCGTCGCGCGTACCGAGTTGGGGCGCTTCTTCCCAGGGGTGTAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGAGTGTGACTg > 2:363892/1‑150 (MQ=255) tGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGAGTGTGACTGGTTGcc > 1:897886/1‑150 (MQ=255) | CCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGAGTGTGACTGGTTGCC > NC_002947/3551116‑3551412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |