Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,882,868 | C→T | 7.4% | intergenic (+67/‑158) | oprN → / → PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,882,868 | 0 | C | T | 7.4% | 227.9 / 6.5 | 81 | intergenic (+67/‑158) | oprN/PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/36); new base T (3/3); total (42/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 |
ACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCAC > NC_002947/3882722‑3883015 | aCCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcgcg > 1:349013/1‑150 (MQ=255) aCCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcgcg > 1:2129884/1‑150 (MQ=255) ccTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCgg < 2:1385027/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 1:1645595/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 2:1817399/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCggg > 1:2189635/1‑150 (MQ=255) tttATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCgggg > 2:3953/1‑150 (MQ=255) ggCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGAGGCTGCCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTa < 2:1355190/150‑1 (MQ=255) 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tACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTAt > 2:2149351/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTc > 1:573541/1‑150 (MQ=255) aaaagaacTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTTATGTTTGCCATCGTAtt > 2:1043005/8‑150 (MQ=255) aaGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCGGGGcaaac > 2:901133/1‑125 (MQ=255) aaGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCGGGGcaaac < 1:901133/129‑5 (MQ=255) aaGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCa < 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tGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTAt > 2:2167126/1‑115 (MQ=255) gCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATgg > 1:1353992/1‑150 (MQ=255) ggAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTAt > 1:917768/1‑107 (MQ=255) ggAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTAt < 2:917768/107‑1 (MQ=255) ggAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCACAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGcc > 1:777768/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCGCGGACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCTGGATCGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAgg > 1:1171052/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGt > 1:1143615/1‑101 (MQ=255) tGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGt < 2:1143615/101‑1 (MQ=255) tGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAgg < 2:349013/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcc > 1:797209/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcct < 2:2241292/150‑1 (MQ=255) gcgcgcACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggc < 2:1759766/150‑1 (MQ=255) aCTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGCCATGCCATCGCTGgtctggcgcctgg < 2:573541/150‑1 (MQ=255) tGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGttt < 1:1206083/89‑1 (MQ=255) tGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGttt > 2:1206083/1‑89 (MQ=255) aTTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCaa > 1:2242599/1‑150 (MQ=255) ccTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGcc < 1:290544/150‑1 (MQ=255) tCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcg < 2:1378456/150‑1 (MQ=255) 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cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAGCCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcggttcgg < 2:2284001/146‑1 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATAc > 2:1928318/1‑88 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATAc < 1:1928318/88‑1 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggc > 1:244434/1‑119 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggc < 2:244434/119‑1 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcggttcgg > 1:2284001/1‑146 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGc > 1:1719052/1‑150 (MQ=255) tttGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCa > 1:27307/1‑150 (MQ=255) ttggCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTAc > 1:96454/1‑150 (MQ=255) ttggCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTAc < 1:1630430/150‑1 (MQ=255) gcccctccCCCAACAGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTAcccc < 1:1492620/147‑1 (MQ=255) 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ggCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCAtt > 1:1429888/1‑111 (MQ=255) ggCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCAtt < 2:1429888/111‑1 (MQ=255) cccGCGGGGT‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCTCCCCAATTCGCAGTGCATGGAATGCCACCGTAGGCCTGGCGCCTGGCTATCGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCAc < 2:27307/150‑1 (MQ=255) | ACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGC‑TTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCAC > NC_002947/3882722‑3883015 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |