Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 45,680 | C→G | 5.0% | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I ← / ← PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 45,680 | 0 | C | G | 5.0% | 320.6 / 7.3 | 99 | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I/PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/51); new base G (2/3); total (45/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.94e-01 |
CTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGCAGGTA > NC_002947/45534‑45829 | cTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGc > 2:2312621/1‑150 (MQ=255) cTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATTTAGTAGAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTg < 1:61237/150‑1 (MQ=255) tGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTgg < 2:2144381/150‑1 (MQ=255) tGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCATAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTgg < 2:1699610/150‑1 (MQ=255) tCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGACTCGG‑TCGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGCCTGGCAttt < 1:145877/150‑1 (MQ=255) aaGGCTTCCAAGTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTAt < 1:475724/150‑1 (MQ=255) ggCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGCCTGGCAtttttta < 1:2312621/150‑5 (MQ=255) gCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGaa > 2:109345/1‑150 (MQ=255) aaTTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTAt < 2:1582774/141‑1 (MQ=255) aaTTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTAt > 1:1582774/1‑141 (MQ=255) aTTGCCCTCTGCAGCTGGGGAGCCCTACACGTTGGTTGTCTAATATCCAATG‑CGCAGTTTTCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTa < 2:1550818/150‑1 (MQ=255) gCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAAtt > 2:575069/1‑150 (MQ=255) cccTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtg > 1:2222001/1‑150 (MQ=255) ctctGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgtt > 2:1620193/1‑150 (MQ=255) tctGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttc > 2:655927/1‑150 (MQ=255) ctGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttct < 2:2222001/150‑1 (MQ=255) tGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CACGGCTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTACTtgttctg < 2:1563072/150‑1 (MQ=255) cAGTTGGGGAGCCGTGTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTG‑CAAGGTTTGCCCGAGCCCAGACGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGAGAGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgtt < 2:855503/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gttggCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCAttt > 2:774648/1‑104 (MQ=255) gttggCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCAttt < 1:774648/104‑1 (MQ=255) ttggCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgtt > 1:2150074/1‑121 (MQ=255) ttggCTAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgtt < 2:2150074/121‑1 (MQ=255) gCTAAGATCTTTTG‑CACGTTTGGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGTGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATg < 1:223486/150‑1 (MQ=255) tAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGCCTGGCa > 1:442764/1‑95 (MQ=255) tAAGATCTATTG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGCCTGGCa < 2:442764/95‑1 (MQ=255) 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ttG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATa > 1:846523/1‑150 (MQ=255) ttG‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATa < 1:655927/150‑1 (MQ=255) g‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGa > 2:124511/1‑91 (MQ=255) g‑CACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGa < 1:124511/91‑1 (MQ=255) cACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACAt < 2:506973/150‑1 (MQ=255) acagTTTGCCCCAGCCCAGGCGTTAATAAGCCGAACCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATc < 1:1071013/147‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |