| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,469,023 | G→C | 5.8% | A408A (GCG→GCC) | PP_3959 → | voltage‑gated chloride channel family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,469,023 | 0 | G | C | 5.8% | 261.5 / 7.7 | 86 | A408A (GCG→GCC) | PP_3959 | voltage‑gated chloride channel family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/40); new base C (2/3); total (43/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
GATGTTGACCCTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGCTTCATGCTGCCGCGTCTTCTTCCACAGAACCCGCCGCTCGCCAACCGAGCACTACCGAAAAACCTTGAGCAGC > NC_002947/4468874‑4469166 | gATGTTGACCCTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATggcg < 2:1803659/150‑1 (MQ=255) ttGACCCTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTTGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATggcggcgg > 1:68722/1‑150 (MQ=255) gACCCTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGcc > 2:1283090/1‑150 (MQ=255) ccTCAGGCAGGCGCACTACTTGGTATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCAtc > 1:457287/1‑150 (MQ=255) ccTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATggcggcgg < 1:191744/145‑1 (MQ=255) ccTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATggcggcgg > 2:191744/1‑145 (MQ=255) ccTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCAtc > 1:1871008/1‑150 (MQ=255) cTCAGGCAGGCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCAtct > 1:625826/1‑150 (MQ=255) caggcaggCGCACTACTTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCCGCCGCCAtcagt < 2:2272718/150‑4 (MQ=255) tgctTGGCGGGGGCGAATACCTGGTCGGGGTGACACGGTCTCGACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTAGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGtctc > 2:1895731/3‑150 (MQ=255) tactTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGtctc > 2:762580/1‑150 (MQ=255) tactTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGtctc > 2:2202697/1‑150 (MQ=255) ctTGGCATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCg > 2:1492988/1‑150 (MQ=255) cATGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGtctc > 2:1018312/1‑150 (MQ=255) aTGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATggcggc > 2:1349881/1‑119 (MQ=255) aTGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATggcggc < 1:1349881/119‑1 (MQ=255) aTGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCg > 1:2250335/1‑150 (MQ=255) aTGGGCGCATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCg > 1:1156321/1‑150 (MQ=255) gcgcATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGTGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCttt < 2:1950927/150‑1 (MQ=255) cgcATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTa < 2:757900/150‑1 (MQ=255) cATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTAcc < 2:457287/150‑1 (MQ=255) cATACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTAcc < 1:2134475/150‑1 (MQ=255) aTACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCCGCCGCCAtc > 1:1639101/1‑118 (MQ=255) aTACCTGGCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCCGCCGCCAtc < 2:1639101/118‑1 (MQ=255) gCCGGTGTGACACGCTCGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTg < 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gcGCCACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTAcc > 2:1504999/2‑150 (MQ=255) ccACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGAc > 1:843583/1‑150 (MQ=255) cACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCAtctc < 2:126347/94‑1 (MQ=255) cACTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCAtctc > 1:126347/1‑94 (MQ=255) cACTGACCACCTCTGTCATCGGGCTTGAACTTACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTAGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGCTGTCTCCGGTCTCGCTGTACCGTGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACa > 2:1097324/1‑150 (MQ=255) aCTGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACaa > 1:1578639/1‑150 (MQ=255) tGACCGCCTCGGTCATGGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCTACTGCGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGc < 1:987431/150‑1 (MQ=255) tGACCGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGc < 2:843583/150‑1 (MQ=255) cGCCTCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGCTTCa > 1:231723/1‑150 (MQ=255) tCGGTCATCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGCTTCAtgct > 1:2321552/1‑150 (MQ=255) tCGGTCATAGAGCTTGAACGGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGCTTCAtgct < 2:1813014/150‑1 (MQ=255) tCGTGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTa < 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tGCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGCTTCATGCTGCCGCGtctt < 2:2190391/150‑1 (MQ=255) gCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCAt > 1:514262/1‑103 (MQ=255) gCTTGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCAt < 2:514262/103‑1 (MQ=255) ttGAACTGACACACAGCCCGGACGTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCGATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCGTTACCAACCCCTGGCCAAGCAGATTACCGACAAACTTCATGCTGCGGCGTgttctt > 2:264083/1‑150 (MQ=255) ttGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGtctc > 1:2270728/1‑84 (MQ=255) ttGAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGtctc < 2:2270728/84‑1 (MQ=255) gAACTGACACACAGCCCGGACCTGGCCATTCCCATGTTGGCCGCGACACTGATGGCGGCGGCCATCTCTGGATGGGTGTCTCCGGTCTCGCTTTACCATGCCTTGGCCAAGCAGATTACCGACAAGCTTCATGCTGCCGCGTCTTCTTcc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |