| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,700 | 0 | A | C | 9.2% | 285.3 / 22.0 | 109 | Q330P (CAG→CCG) ‡ | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/47); new base C (4/6); total (56/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGCAG > NC_002947/476559‑476844 | tGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCt < 1:507557/150‑1 (MQ=255) ggaggaCATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCCTGCACGCTg < 1:9949/150‑1 (MQ=255) ggaggaCATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTg > 2:1250446/1‑150 (MQ=255) aCATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCCTGCACGCTgatcgc < 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cTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAATGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACg > 2:1840613/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACg > 1:1294167/1‑150 (MQ=255) gATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGAt < 1:1486615/150‑1 (MQ=255) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACt > 1:2212940/3‑135 (MQ=255) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACt < 2:2212940/133‑1 (MQ=255) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGc < 2:625686/143‑1 (MQ=255) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGc > 1:625686/3‑145 (MQ=255) aGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgc > 1:320824/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgc < 1:1563100/150‑1 (MQ=255) gCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgca < 2:1766369/150‑1 (MQ=255) cGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgcag < 2:866773/150‑1 (MQ=255) aGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCgg > 2:114121/1‑104 (MQ=255) aGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCgg < 1:114121/104‑1 (MQ=255) | TGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGCAG > NC_002947/476559‑476844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |