| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,667,309 | G→T | 9.7% | intergenic (+36/+35) | nhaP → / ← PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,667,309 | 0 | G | T | 9.7% | 332.4 / 13.8 | 109 | intergenic (+36/+35) | nhaP/PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/52); new base T (5/6); total (51/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GGCGAGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGTC > NC_002947/5667160‑5667458 | gacGAGGAACGGGACCTGGGGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGGTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTg > 2:681013/3‑150 (MQ=255) gAGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAAc > 2:2303650/1‑150 (MQ=255) aGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGAATCTGGTGCAGGGGTTGAGAATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAAcc > 1:1011486/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAAAAAGGGTCTCTTTCACCGCCGAAACCGGCAACTGTTCCTGCACGTACTGTATCTCGGTGCTCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTc < 2:1431184/150‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCaa > 2:1429530/1‑113 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCaa < 1:1429530/113‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATc > 1:1162965/1‑119 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATc < 2:1162965/119‑1 (MQ=255) ggggTTAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGTCAACCAGGTTCTATTCGACTGCCGAATCCGGCAATTTGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGGTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGa < 1:624181/149‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTg < 2:1842121/90‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACa < 1:1028313/150‑1 (MQ=255) gAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGTc < 1:412539/150‑1 (MQ=255) | GGCGAGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGTC > NC_002947/5667160‑5667458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |