Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,667,310 | A→C | 8.7% | intergenic (+37/+34) | nhaP → / ← PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,667,310 | 0 | A | C | 8.7% | 277.5 / 16.1 | 111 | intergenic (+37/+34) | nhaP/PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/55); new base C (5/5); total (51/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GAGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGTC > NC_002947/5667163‑5667458 | gAGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAAc > 2:2303650/1‑150 (MQ=255) aGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGAATCTGGTGCAGGGGTTGAGAATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAAcc > 1:1011486/1‑150 (MQ=255) aaCGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCcgc < 2:2140773/150‑1 (MQ=255) gggACCTGCTGCTGTCTATCACCTACCTCTTGTTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGaa < 2:1461928/150‑1 (MQ=255) gggACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGaa < 2:1854845/150‑1 (MQ=255) gggACCTGCTGCTGGCGAGCACCTACATCGTGGTGTTGTCGGCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGaa < 2:450462/150‑1 (MQ=255) gACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGCTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGaatg < 2:849215/150‑3 (MQ=255) ccTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGCGTTGCG‑AGTCCCAGGGTGGTGGCGCACGGTCAGCGCCCACCCTTCAGCATCGCGGACGAGCTTGGCGTCCCATTCGCGGGTTCACCCGCGaatggg < 1:2280261/150‑5 (MQ=255) 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cgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATc < 2:1854401/150‑1 (MQ=255) aTTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCg > 1:1126841/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAgg < 1:867079/103‑1 (MQ=255) tGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAgg > 2:867079/1‑103 (MQ=255) gggTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTAtt < 2:1164994/123‑1 (MQ=255) gggTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTAtt > 1:1164994/1‑123 (MQ=255) 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< 2:288649/128‑1 (MQ=255) gtggt‑gCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCgg > 1:1476691/1‑150 (MQ=255) tggt‑gCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGt > 1:1431184/1‑150 (MQ=255) tggt‑gCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCCGGTGAACCCGAGAAGAGTCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGt < 1:1450155/150‑1 (MQ=255) gt‑gCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTTAGATTGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTgc > 1:315754/1‑150 (MQ=255) t‑gCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGt > 2:1472686/1‑147 (MQ=255) 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tcttCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCt > 1:562948/3‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCAt < 2:1900665/103‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCAt > 1:1900665/1‑103 (MQ=255) ttCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTg > 2:2319723/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTg < 1:463799/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTc < 2:1199420/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAAAAAGGGTCTCTTTCACCGCCGAAACCGGCAACTGTTCCTGCACGTACTGTATCTCGGTGCTCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTc < 2:1431184/150‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCaa > 2:1429530/1‑113 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCaa < 1:1429530/113‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATc > 1:1162965/1‑119 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATc < 2:1162965/119‑1 (MQ=255) ggggTTAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGTCAACCAGGTTCTATTCGACTGCCGAATCCGGCAATTTGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGGTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGa < 1:624181/149‑1 (MQ=255) ggggAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACa < 1:681013/147‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTg < 2:1842121/90‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTg > 1:1842121/1‑90 (MQ=255) ggTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACa < 1:1028313/150‑1 (MQ=255) gAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGTc < 1:412539/150‑1 (MQ=255) | GAGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGT‑GCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGTC > NC_002947/5667163‑5667458 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |