| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,984,511 | G→A | 9.4% | intergenic (+51/+38) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,511 | 0 | G | A | 9.4% | 283.1 / 13.6 | 108 | intergenic (+51/+38) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/51); new base A (5/5); total (52/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGT > NC_002947/5984364‑5984660 | ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc < 2:866009/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:1064750/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGAGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:1395262/150‑1 (MQ=255) tGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGtt > 1:168024/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAcc < 1:1740537/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAcc > 2:1389385/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCGGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg > 1:743579/1‑143 (MQ=37) gCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc < 1:2285105/137‑1 (MQ=255) gCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc > 2:2285105/1‑137 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCggg < 1:955174/138‑1 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGaa > 1:120205/1‑150 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGaa > 2:694955/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAc < 2:829437/141‑1 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAc > 1:829437/1‑141 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:2031053/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAaga < 2:1921117/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:1528728/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:1389385/150‑1 (MQ=255) gcggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 2:1118373/150‑1 (MQ=255) gcggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 1:2116619/150‑1 (MQ=255) gcggGCAGCGGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGGTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 2:942491/150‑1 (MQ=255) gggCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCa < 2:120205/150‑1 (MQ=255) gggCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 2:1793412/128‑1 (MQ=37) gCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAACCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGccggc > 1:412419/1‑147 (MQ=17) cTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg < 2:1516499/150‑1 (MQ=18) gCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAggc > 2:124965/1‑149 (MQ=18) gggCGCTGGTGTCGAAGTTGGGTGGATGCCGCAGTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATCGCCTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGATGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGttt < 2:432971/149‑1 (MQ=38) gcgcTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc > 2:1320441/1‑150 (MQ=255) tGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑a < 1:2335344/150‑1 (MQ=255) gtCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑Agcgc > 1:1616873/1‑150 (MQ=255) tCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAagag > 1:1569687/1‑125 (MQ=255) tCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:1569687/125‑1 (MQ=255) cAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAgg < 2:1758227/150‑1 (MQ=255) tGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAg < 1:305034/150‑1 (MQ=255) ggTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 1:1157933/118‑1 (MQ=255) gTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCAGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCTGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAgcgc > 2:1435156/1‑150 (MQ=255) ggATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 2:1622266/108‑1 (MQ=255) ggATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc > 1:1622266/1‑108 (MQ=255) ggATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCt < 2:168024/150‑1 (MQ=255) tCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc < 2:1343388/150‑1 (MQ=255) gtgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcat > 1:2337434/1‑150 (MQ=255) tgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGACGCCACTACAGGTTTACCTC‑ACCGCGCGGCCCCCCCTGCGTCGCTCTtcctc > 2:2241778/1‑150 (MQ=25) tgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatc > 2:1651509/1‑150 (MQ=255) tCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAg < 2:759180/150‑1 (MQ=255) tCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTg > 2:2096586/1‑150 (MQ=255) tCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCCTTAGCGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGG‑TTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGc < 1:1897444/150‑1 (MQ=255) gCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCgg < 2:2290296/150‑1 (MQ=255) gAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTg < 2:1616873/150‑1 (MQ=255) aTCACGCATAGCCTGTGCGTGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTggg < 2:1540739/150‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGCGCTCATCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg > 1:1776889/1‑150 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGt < 1:600317/121‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg > 1:1639338/1‑150 (MQ=255) aTAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGc > 2:205575/1‑150 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc < 1:1435156/150‑1 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGAAGGGGCGGGTTTACCCGCGGCGAAGCAAGAGTCGGTTTAGTTCGAGCG‑GATTTCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc > 2:1431997/1‑150 (MQ=21) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc < 2:2190124/150‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTg > 1:2278754/1‑137 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCg > 2:700388/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa > 2:2220580/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGAGCGGAGAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa < 1:1918438/150‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAg > 2:2286741/1‑95 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAg < 1:2286741/95‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagcag < 1:1676203/150‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc < 1:1347157/134‑1 (MQ=21) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc > 2:1347157/1‑134 (MQ=21) tctTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:1073899/1‑150 (MQ=25) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc > 2:1892511/1‑70 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGCCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc < 2:2320668/150‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGCGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc < 1:1892511/70‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAGCCGCTAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 1:542573/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 2:2126576/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg < 2:1924376/137‑1 (MQ=37) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg > 1:1924376/1‑137 (MQ=37) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca < 2:1698597/99‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 1:1698597/1‑99 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACGGTCGGCTGTAGAGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 2:542573/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 2:259751/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCCCTACAGCCGCCCATAGGAGAAGGTTTACCCGCGCAGAGGCCAGTAAAGGTTTACCTC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:1073899/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCTGCGACATGGAAGGATAAACTCTACCGG‑ACCTCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGGTGCGGTCGTTGGCGATACGCTGCGACAGCATGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:634580/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGCAGCTGTTCATCAGAATGAGGTCGTTGAGGATAAGAGGGTACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:2007440/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt > 2:844570/1‑115 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt < 1:844570/115‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 1:2096586/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 1:700388/150‑1 (MQ=255) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc < 1:2126576/150‑1 (MQ=255) tcgtACGGTCGGCCGTAGGGGCGGGTTTCCCTGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACGTC‑GGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGATCCCCAGGTTCCGGTAGTCTGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGGCCGTCGATGTCGtt > 2:195646/4‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg > 1:267554/1‑105 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:267554/105‑1 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:65184/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGcgcg > 1:926512/1‑62 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGcgcg < 2:926512/62‑1 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCAGCTCAGCCGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:777377/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGATTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTACGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:42228/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 2:352946/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg < 1:195646/150‑1 (MQ=255) tgtgGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCgg > 1:82070/1‑150 (MQ=255) tGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc > 2:1219634/1‑141 (MQ=255) tGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 1:1219634/141‑1 (MQ=255) ggggCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAACCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCa > 1:547151/1‑150 (MQ=255) ggCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGt < 1:259751/150‑1 (MQ=255) | TTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGT > NC_002947/5984364‑5984660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |