New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5477138 = | 55 (0.830) | 16 (0.350) | 14/184 | 2.6 | 38.6% | intergenic (+3/+109) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
? | NC_002947 | 5477237 = | 13 (0.290) | intergenic (+102/+10) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
TCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCG > NC_002947/5476990‑5477226 | tCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGtt > 2:806376/1‑150 (MQ=255) tCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGtt < 1:188364/150‑1 (MQ=255) aGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGTTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGc < 2:1112490/150‑1 (MQ=255) ccTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCt < 2:181344/150‑1 (MQ=255) caatcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCtg < 1:1375108‑M1/7‑1 (MQ=255) tGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCtgt < 1:1518065/150‑1 (MQ=255) gACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGTAATGGTCGGCTGTCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCtgtg > 1:197023/1‑150 (MQ=255) tcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGc < 2:974264‑M1/10‑1 (MQ=255) aTTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTAGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCg > 2:247732/1‑150 (MQ=255) tGCAACGCCAGCAGACCATGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTa > 1:367600/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTctcgt < 2:1170750/150‑2 (MQ=255) ccAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCgg < 2:1399713/150‑1 (MQ=255) gttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtatt > 2:1141987‑M1/126‑127 (MQ=255) gttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtatt < 1:1141987‑M1/2‑1 (MQ=255) gttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGc < 2:1201490‑M1/4‑1 (MQ=255) gttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGc > 1:1201490‑M1/126‑129 (MQ=255) cagcagACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCggg > 1:1529766/1‑150 (MQ=255) ttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgacacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGt < 1:615145‑M1/26‑1 (MQ=255) gACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAc < 2:715350/150‑1 (MQ=255) gttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAcc < 1:1114469‑M1/31‑1 (MQ=255) aCCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAcc > 2:1015432/1‑150 (MQ=255) catggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTGTTCGCGGGTAAACCCGc > 2:787180‑M1/117‑150 (MQ=255) catggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGc > 1:228285‑M1/117‑150 (MQ=255) cTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGc < 2:608418/150‑1 (MQ=255) gCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTc < 2:1529766/150‑1 (MQ=255) ggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 2:48339‑M1/37‑1 (MQ=255) cAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 1:804974/1‑150 (MQ=255) aagagaacaagcgatatatgctgaccctctattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:615145‑M1/112‑150 (MQ=255) ggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtatt < 1:1590751‑M1/2‑1 (MQ=255) ggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtatt > 2:1590751‑M1/108‑109 (MQ=255) cTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCa < 2:367600/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAc < 2:197023/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAc < 1:627115/150‑1 (MQ=255) gacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAc < 1:470500‑M1/44‑1 (MQ=255) gCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACg < 1:919319/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACg < 1:1091609/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACgg < 1:629178/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCGGGTGTGGTGGCTAGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACgg < 1:247732/150‑1 (MQ=255) accctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAc < 1:1399136‑M1/30‑1 (MQ=255) accctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAc > 2:1399136‑M1/89‑118 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAg < 1:853920/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAg < 1:425604/150‑1 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gtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 1:1310109/150‑1 (MQ=255) gtTGCCGGCATGCGTCGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTTATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 2:88627/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg < 1:806376/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTACCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg < 1:925224/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGt < 1:243498/150‑1 (MQ=255) 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2:1275776‑M1/35‑101 (MQ=255) ccGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCg > 1:1464466/1‑121 (MQ=255) ccGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCg < 2:1464466/121‑1 (MQ=255) agggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 1:824752‑M1/69‑1 (MQ=255) agggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg > 2:824752‑M1/31‑99 (MQ=255) gggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg > 2:814839‑M1/30‑99 (MQ=255) gggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg < 1:814839‑M1/70‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAg < 1:52959/108‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAg > 2:52959/1‑108 (MQ=255) gTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATc < 2:53050/74‑1 (MQ=255) gTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATc > 1:53050/1‑74 (MQ=255) gATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATc < 2:774453/54‑1 (MQ=255) gATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATc > 1:774453/1‑54 (MQ=255) | TCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCG > NC_002947/5476990‑5477226 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
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