| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,505,339 | Δ1 bp | 6.1% | coding (124/594 nt) | tehB → | tellurite resistance methyltransferase TehB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,505,339 | 0 | G | . | 6.1% | 233.9 / 8.9 | 66 | coding (124/594 nt) | tehB | tellurite resistance methyltransferase TehB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/31); new base . (2/2); total (33/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
GAGTGGCAGCGATAATGGATTTTTCCATACGCTGGCGGTGCCGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATGCAACGTTGCACTAAACCTGGTGGTTACAACCTGATTGTGGCGGCGATGG > NZ_LN832404/1505051‑1505624 | gAGTGGCATCGATAATGTATTTTTCCATGCGCTGGCGGTGCAGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTACTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGGAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCACCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATGTGAATTAGCCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTc < 1:221556/292‑1 (MQ=255) gCAGCGATAATGGATTTTTCCATACGCTGGCGGTGCCGCCGCTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCCGGGCAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGCTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATCAGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATGTGAATTAAACCGCACACACTCAGAAGTACTGGAAGGGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGC‑TCTGCGCTGACGCAATGGTCGTAAc > 2:153544/1‑292 (MQ=255) gATAATGGATTTTTCCATACGCTGGCGGTGCCGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCt > 2:312468/1‑292 (MQ=255) aTAATGGATTTTTCCATACGCTGGCGGTGCCGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCtt > 1:375104/1‑292 (MQ=255) gATTTTTCCATACGCTGGCGGTGCCGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGATCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTg < 1:210570/292‑1 (MQ=255) cTGGCGGTGCCGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAATCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTa < 2:52338/292‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGa > 2:304906/1‑292 (MQ=255) cGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAAT‑GTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACg > 1:543087/1‑292 (MQ=255) tCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGAt < 1:312468/292‑1 (MQ=255) cAATTTTATTATTGCAATACGGCTCATCCGGACTTTTGCGCGTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCACGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATg < 2:600836/292‑1 (MQ=255) 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GAGTGGCAGCGATAATGGATTTTTCCATACGCTGGCGGTGCCGCTGTTTATCTTTACCAATTTTATTATTGCAATACTGCTCATCCGTACTTTTGCGCTTCTGATGCAGGGAAAATTGTTAGTCAGAACCGAGCGCGCCGTTTTAATGAAAGCAGAGGACAAAGAATGATCATTCGTGACGAAAACTATTTTACTGATAAATATGAATTAACCCGCACACACTCTGAAGTACTGGAAGCGGTGAAAGTGGTTAAACCGGGTAAAACGCTGGA‑TCTGGGCTGTGGCAATGGTCGTAACAGTCTTTACCTGGCAGCCAATGGTTATGATGTTGACGCATGGGATAAAAATGCCATGAGTATCGCCAACGTCGAGCGCATTAAATCCATTGAAAATCTGGATAATTTACACACCCGAGTCGTTGATCTGAATAACCTCACATTTGATAGACAGTACGATTTTATTCTTTCGACTGTGGTGCTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCCGGGTTGATTGCCAATATGCAACGTTGCACTAAACCTGGTGGTTACAACCTGATTGTGGCGGCGATGG > NZ_LN832404/1505051‑1505624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |