New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_LN832404 | = 381810 | NA (NA) | 41 (0.740) | 39/368 | NT | 100% | coding (846/914 nt) | EK12AG100_RS01865 | IS3‑like element IS2 family transposase |
? | NZ_LN832404 | = 932184 | 0 (0.000) | intergenic (‑74/‑445) | EK12AG100_RS04715/EK12AG100_RS04720 | aspartate:alanine antiporter/hypothetical protein |
CCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATCGAACCAAGTCGTAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTA > NZ_LN832404/931894‑932385 | ccATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATCGAACCAAGTCGTAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGa > 2:484443‑M2/1‑291 (MQ=255) 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aCCAAGTCGTAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactccgcaccgccgtgttcttcggttcaagtcccaacatc > 2:413646‑M2/1‑92 (MQ=255) ccAAGTCGTAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactccgcaccgccgtgttcttcggttcaagtcccaacatcc > 2:577902‑M2/1‑91 (MQ=255) | CCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATCGAACCAAGTCGTAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTA > NZ_LN832404/931894‑932385 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |