| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,364,782 | G→A | 5.3% | intergenic (+55/+9) | acnA → / ← ribA | aconitate hydratase AcnA/GTP cyclohydrolase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,364,782 | 0 | G | A | 5.3% | 251.6 / 3.9 | 75 | intergenic (+55/+9) | acnA/ribA | aconitate hydratase AcnA/GTP cyclohydrolase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/38); new base A (2/2); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
TTTCCGCAAGGCGTAACGCGT‑AAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTACAACCCGGCGCGACGGTTCCGGTGACGCTTACGCGCGCGGATGGTAGCCAGGAAGTCGTACCCTGCCGTTGTCGTATCGACACCGCGACGGAGTTGACCTACTACCAGAACGACGGCATTTTGCATTATGTCATTCGTAATATGTTGAAGTAACAACTATTTGCTTGCCGGTTATTTTGCTTCCGGCAAGCAAATGAATTACACAATGCAAGAGGGTTATTTGTTCAGCAAATGGCCCATTTTCTCGGCTTTGGTATCGAGATAATGTTCGTTATTGGGGTTACGACCTACAATCAATGGTACGCGTTCAACAATATTAATCCCTGCTTCGGTCAGAATTTCGACTTTTTTCGGGTTATTGGTTAACAAGCGGACTTCATTGACGCCAAGGAGTTTGAACATATCAGCGCAAAGAGTGAAGTCGCGCTCATCAGCGGCGAAGCCTAACTGGTGGTTAGCCTCTACGGTATCGTAACCTTGATCCT > NZ_LN832404/1364497‑1365059 | ttgccGCAGGGCGAAACATGT‑AAAACGTTGTGAGTACCCGGGGAAGAGAAGAATGGTGTTGGCGCTCGGCGAAACCTACACCCCGGCGGTACGGTTCCGGTTACGCTTACGCGCGCGGATGGTAGCCAGGAAGTCGTACCCTGCCGTTGTCGTATCGACACCGCGACGGAGTTCACCTACTACCAGAACGACGTCATTTTGCATTATGTCATTCGTAATATGTTGAAGTAACAACTATTTGCTTGCCGGTTATTTTGCTTCCGGCAAGCAAATGAATTACACAATGCAagag < 2:658836/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |