| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,619,412 | C→A | 7.1% | intergenic (+73/‑5) | EK12AG100_RS08055 → / → yneK | LysR family transcriptional regulator/putative protein YneK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,619,412 | 0 | C | A | 7.1% | 272.5 / 6.5 | 77 | intergenic (+73/‑5) | EK12AG100_RS08055/yneK | LysR family transcriptional regulator/putative protein YneK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/38); new base A (2/4); total (35/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCA > NZ_LN832404/1619131‑1619696 | tgATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGtt > 1:403868/1‑292 (MQ=255) gCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGtt > 1:447217/1‑287 (MQ=255) gCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGtt < 2:447217/287‑1 (MQ=255) aGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAg > 1:391188/1‑292 (MQ=255) gCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAg < 1:368460/292‑1 (MQ=255) aGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACGATATGGGGCAAATCTGGTTACGCCAGTAAgac > 2:490001/1‑290 (MQ=255) aGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCACGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATGGTTCTTGAGGTTAATATGCCATATATAGTGATGTTCCGATGACTTATTGAC‑ATAAGGGGCCAATATGGTTAAGcccggacgca > 2:411115/1‑284 (MQ=255) cATTGCGCTTATTCCGCGCTCTAGGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCa < 1:753354/292‑1 (MQ=255) aTTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGGTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAg < 2:765924/292‑1 (MQ=255) gcTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAAtt > 2:683385/1‑292 (MQ=255) tATTCCGGGCTTTAGGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACa < 2:391188/292‑1 (MQ=255) tATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCCAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATCTGCTCTATATAGTGATATTTCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGTAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAAttgac > 2:272177/1‑289 (MQ=255) tcttaggCTTGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATTGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTc < 1:211945/286‑1 (MQ=255) 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tATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTTATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCtg > 1:422377/1‑292 (MQ=255) gCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTACTCTGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTAC‑TGACTATATGGTGCAAATATGGTTCCGACATTAAGCATCAGAAATTCAATATCTCTTCCtgatg > 2:512588/1‑292 (MQ=255) aGTATGCCGGGGCATCACCAGGTGGAGGCGTGGCCGTTAGCTGGGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTcc < 2:298488/292‑1 (MQ=255) 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ggCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAat > 2:466885/1‑292 (MQ=255) gCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAata < 1:490001/292‑1 (MQ=255) ccAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTA‑TGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCAc > 1:210316/1‑292 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |