| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 2,115,974 | G→A | 5.0% | G8G (GGC→GGT) | rfbB ← | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 2,115,974 | 0 | G | A | 5.0% | 287.3 / 3.4 | 85 | G8G (GGC→GGT) | rfbB | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/39); new base A (2/2); total (44/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.62e-01 | |||||||||||
GTACCAACAATATTGGTTTCAATAAATGCCGCAGGGCCTGTAATTGAACGGTCAACATGGCTTTCAGCAGCCAGGTGCATCACTGCATCCGGCTGATGCTGAGCAAAAATCCGTGCCATTGCAGGTGCATCGCAAATATCCGCATGTTCAAAAACATAGCGTTCAGAATCAGAAACATCAGCAAGTGATTCCCGGTTTCCGGCGTACGTTAATTTATCGACATTAACAACACTATCCTGCGTATTATTTATAATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAATCCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGCATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATCCTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTT > NZ_LN832404/2115687‑2116265 | gTACCAATAAGATTGGTTTTAAGAAATGCCGCGGGGCCTTTAAGTGAACGGTCAACATGGCTTGCAGCAGCCAGGTGCATCACTGCATCCGGCTGATGCTGAGCAAAAATCCGTGCCATTGCAGGTGCATCGCAAATATCCGCATGTTCAAAAACATAGCGTTCAGAATCAGAAACATCAGCAAGTGATTCCCGGTTTCCGGCGTACGTTAATTTATCGACATTAACAACACTATCCTGCGTATTATTTATAATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAATCCTGCGccac < 2:779037/292‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |