| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,264,972 | T→A | 100% | intergenic (+192/+310) | EK12AG100_RS21080 → / ← EK12AG100_RS25365 | aromatic amino acid transaminase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,264,972 | 0 | T | A | 100.0% | 320.3 / ‑6.7 | 86 | intergenic (+192/+310) | EK12AG100_RS21080/EK12AG100_RS25365 | aromatic amino acid transaminase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (42/43); total (43/43) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
TGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAATTCTAATGTTAAAGAGAACTCTTTTTTCCGCTTTGTGTAAGTTTAACCTTATATTGATTACCAATATCAAATAAAAAGGTCCTGTAATGAGAATAATCACCTTTAACCTCCTCGGCAAAACAGCAAAGCGTGCAAATATACATAAAGTC > NZ_LN832404/4264684‑4265258 | tGGGGTCTATCTCATTGCCAGCGGTGGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTGATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCAAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTaaaaat < 2:400133/292‑1 (MQ=255) gtgtCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAAttt < 1:561559/292‑1 (MQ=255) ctcATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTCTAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGTGCGCTAATAAACGTTGATTGTTCTTTTTTTGTTACGCTTATCCCAATGTTATGGAATTGCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTCAAAATTTCTTCACAt > 2:61475/1‑292 (MQ=255) gCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAAcc < 1:47093/292‑1 (MQ=255) gCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAAcc < 1:382522/292‑1 (MQ=255) cAGCGGTCGCATGGGTGTTGCCGGGTTAAATACGGCGAATGGACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCat < 2:397400/292‑1 (MQ=255) aGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCatt > 2:47996/1‑292 (MQ=255) aTGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAttt > 1:538225/1‑292 (MQ=255) tgtCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATATAACCATTATTAAATTtaataa > 1:287633/1‑292 (MQ=255) gCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAg < 2:538225/292‑1 (MQ=255) 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aaTGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGAt > 1:791972/1‑292 (MQ=255) aTGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTACGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATACTATGTATCGGGTTTGTTACGATa > 1:695590/1‑292 (MQ=255) cAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAata > 1:451854/1‑292 (MQ=255) 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tgtgGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCt < 2:451854/292‑1 (MQ=255) ggCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTAc > 2:604366/1‑275 (MQ=255) ggCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTAc < 1:604366/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |