Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC | NZ_LN832404 | 1,982,569 | (ATTA)2→1 | 86.7% | intergenic (‑536/‑117) | flhD ← / → uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_LN832404 | = 1982568 | 4 (0.050) | 26 (0.320) | 22/560 | NT | 86.7% | intergenic (‑535/‑121) | flhD/uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
? | NZ_LN832404 | 1982573 = | 4 (0.050) | intergenic (‑540/‑116) | flhD/uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
ATCTGTTAAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCAGCG > NZ_LN832404/1982439‑1982866 | aagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGaa > 1:93541‑M2/135‑295 (MQ=255) gcaacaaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGCATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGt > 2:69285/6‑295 (MQ=255) caacaaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAGGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTc > 1:480415/5‑295 (MQ=255) aaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTc < 1:97088‑M2/165‑1 (MQ=255) ggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAg < 2:33188‑M2/167‑1 (MQ=255) acaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAAc > 1:538613‑M2/125‑295 (MQ=255) caacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAActgctg < 2:538613‑M2/176‑1 (MQ=255) tgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGc > 1:90766‑M2/112‑295 (MQ=255) atgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGTGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTAACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGtat < 2:512761‑M2/189‑1 (MQ=255) gttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCgc > 1:283119‑M2/100‑295 (MQ=255) 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tattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACAGGAAAGTCAGCAACTGACGGCAACAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTa > 2:595217‑M2/90‑295 (MQ=255) aaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAgg > 1:650757‑M2/86‑295 (MQ=255) aaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAgg < 1:294145‑M2/210‑1 (MQ=255) 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acactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTc > 1:322333‑M2/58‑295 (MQ=255) cactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTcc > 1:644599‑M2/57‑295 (MQ=255) actattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGAAAAAGCGGTATCTATCGCCCGGCCAGTAAAGGGACACATCGGTTTAATTACTATCGCTTCCg > 2:225184‑M2/56‑295 (MQ=255) 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tatgatcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCAAGTAAAGGGACCCATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTgcgc > 2:211414‑M2/26‑295 (MQ=255) aCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGCCACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAACGTACAATCACTTAGCTGccccta > 2:88660/1‑293 (MQ=255) tcaccgggagtgattgattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATg < 1:661416‑M2/275‑1 (MQ=255) 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aTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCAGCg < 2:322333‑M2/294‑1 (MQ=255) | ATCTGTTAAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCAGCG > NZ_LN832404/1982439‑1982866 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |