| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,123,847 | G→A | 100% | intergenic (+494/‑49) | putP → / → EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,123,847 | 0 | G | A | 100.0% | 236.7 / NA | 66 | intergenic (+494/‑49) | putP/EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/29); total (37/29) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTGCTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGG > NZ_LN832404/1123556‑1124135 | aGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGCAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACCTGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATCATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCCTTTTATCCACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATAATAATCGCTATCACTGCGATTTACtt > 1:662468/1‑295 (MQ=255) gTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGTTACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGTACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACttt < 2:175541/295‑1 (MQ=255) aGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCt > 2:12246/1‑295 (MQ=255) gATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATTATCTCTATCACTGCGATTTACTTTTcct > 2:176183/1‑293 (MQ=255) aaTCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGa > 1:166753/1‑295 (MQ=255) aTCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCTTAATGATATTCGCTAACCCTTCGATTTACTTTTCTTTGCCTAGAt > 2:763714/1‑295 (MQ=255) cgcgGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTg < 1:32300/295‑1 (MQ=255) gcgGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATACCTGCGATTTATTTTTCTTTGcttggcttgt > 2:155176/1‑286 (MQ=255) cgGATGGACCAAATTGTGTGTGACACACGCGTTTCAGGTTTACATGGAAGCTCGGTTGCATTGGGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTCGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATTGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGAc < 2:331334/295‑1 (MQ=255) gCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTTCCTTAATGATAATCTCTATTCCTTCGCTTTACTTTTCTTTTCATTGATTATCTCAGAAAAACCTTTa > 2:700667/1‑295 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |