Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_LN832404 | 1,518,134 | A→C | 100% | E217A (GAG→GCG) | EK12AG100_RS07620 → | ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 1,518,134 | 0 | A | C | 94.1% | 288.2 / 4.7 | 82 | E217A (GAG→GCG) | EK12AG100_RS07620 | ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/0); new base C (46/31); total (51/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGAGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGCTCTATCTTTACCTTCTCACTCACACTGGGCGATTTTATCGTCCCGCAGCTGGTTGGTCCTCCAGGATATTTTATCGGCAATATGGTTTATTCCCAGCAGGGGGCGATTGGCAATATGCCGATGGCGGCGGCATTCACCCTGGTGCCGATTATTCTCATCGCACTGTACCTGGCGTTCGTGAAACGTCTGGGAGCGTTCGATGCACTC > NZ_LN832404/1517844‑1518423 | gAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCTCTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCg > 1:400229/1‑295 (MQ=255) gAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCg < 1:764906/295‑1 (MQ=255) aaaGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCgg > 1:449576/1‑295 (MQ=255) aaaGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCgg > 2:81550/1‑295 (MQ=255) gTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATGTTTGCCGGCGTCGGCTggt > 2:279783/1‑293 (MQ=255) ttttttttAGTGCGGTAATGTTGCCGATTTGGTCGAGCTACATTGTTAAAGCCTAGGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCATTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGAtct < 2:568778/295‑1 (MQ=255) ttATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTTGGCGTTTGCCGCCGGCCTTTTTGCAGgtgtgtgcgtgtcccggt > 2:559234/1‑281 (MQ=255) tatTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCAAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCCG‑GTGTGTCTCTATATCTGTTTGCCGTTCATGATCCCGCCCGTTCAGGCCGCCCTTGAGCTTTTGCCGCCTGCATTGTTCCAGCAGTCGGCTGCTCCCgggctg > 2:115251/1‑291 (MQ=255) gCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTc > 1:35975/1‑295 (MQ=255) gTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTCGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCAc < 1:610597/295‑1 (MQ=255) aTGTTGCCGATGTGGGCGAGCTAAAGTGGGAAAGACGAGGCATGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGAc > 1:185060/1‑295 (MQ=255) tGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTTGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACa < 1:497837/295‑1 (MQ=255) gttgtccttggtgGGCGGGCGACATTGTTAAGGCCTATGCCTGGCCGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAACTACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTG‑GTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACa < 2:770495/285‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |