| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,595,365 | A→C | 100% | pseudogene (466/1323 nt) | hipA ← | type II toxin‑antitoxin system serine/threonine protein kinase toxin HipA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,595,365 | 0 | A | C | 96.9% | 231.2 / ‑1.2 | 65 | pseudogene (466/1323 nt) | hipA | type II toxin‑antitoxin system serine/threonine protein kinase toxin HipA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base C (32/31); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCCTGTGGCAAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTACTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAG > NZ_LN832404/1595073‑1595654 | cccgggtgCAAGGGAAGTTAAACCGTTCGTCCAGCAGTCCAACGCCGGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCTAACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGAAAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCt < 2:261397/288‑1 (MQ=255) ctGTGGCAAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCtgt < 2:547173/295‑1 (MQ=255) tgtgGCAAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCtgtg > 1:475133/1‑295 (MQ=255) gtgGCAAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTgc > 1:500132/1‑295 (MQ=255) 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ccGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTACTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATAc < 1:223588/295‑1 (MQ=255) cctttgaatgtgttCTCCGTCCTGAACATTCAACCCCAGTTCATTCGCCAACAGCAGACAGGGATCCTCATTATCAACTCTTTGGCTGGGATCGAGCTTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATAct < 2:654963/283‑1 (MQ=255) cGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGC‑GTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCAC‑CAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATAct > 2:198069/1‑295 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |