| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,647,333 | 0 | T | A | 90.5% | 198.4 / 10.7 | 63 | Q209L (CAG→CTG) | EK12AG100_RS08235 | DUF968 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/3); new base A (32/25); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
ACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCTGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTGTCAGATTTTGTTGAGCAAGCAGCTCCAGTGATTCCGATGTCTGGTCACGCAGTTGGTTGTCGCAGTGCCAGCACAACACCATTGCGCCG > NZ_LN832404/1647042‑1647623 | acaAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCCCCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGCTTTTTTTTGCGTTGTTTCATTATGCTTGTGGCGGTCAGct > 2:74691/1‑295 (MQ=255) gagaTCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCGCTccc > 1:5690/1‑295 (MQ=255) gaTCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCgg > 1:7815/1‑295 (MQ=255) tCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTa > 1:566901/1‑295 (MQ=255) aTGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACg > 2:624139/1‑295 (MQ=255) tttGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGCTGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGCTTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACCGTGCAGGATTTTTTGGGCGTTTTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCACGGTActtcgtcgc > 2:448759/1‑287 (MQ=255) cATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCgg > 1:452604/1‑295 (MQ=255) 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tcgGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAac > 1:143281/1‑295 (MQ=255) cgGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCTGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAacg < 1:198460/295‑1 (MQ=255) aCCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTA‑TTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGGCGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACa < 1:746590/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |