| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,780,369 | T→A | 90.7% | C377S (TGT→AGT) | EK12AG100_RS08915 → | acyl CoA:acetate/3‑ketoacid CoA transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,780,369 | 0 | T | A | 90.7% | 262.2 / 13.4 | 84 | C377S (TGT→AGT) | EK12AG100_RS08915 | acyl CoA:acetate/3‑ketoacid CoA transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/5); new base A (35/41); total (38/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
AACTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGC‑CCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGAAGTCGACCAGCACGGTAACGTCGGCGTGCATAAATTCAATGGTAAAATCATGGGCACCGGTGGATTTATTGATATCAGTGCCACTTCGAAGAAAATCATTTTCTGCGGCACATTAACTGCGGGCAGTTTAAAAACAGAAATTACCGACGGCAAATTAAATATCGTCCAGGAAGGACGGGTGAAGAAATTTATTCGGGAACTACCGGAAATTACTTTCAGCGGAAAAATCGCTCTCGAGCGAGGGCTGGATGTTCGTTATATCACTGAGCGCGCAGTATTC > NZ_LN832404/1780079‑1780659 | aaCTTAGCCCGCCCCTAAACCGACGGAAATTGGTTGGCCGGGGCGCAGTATTCGAAAGGCGTAAGGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGC‑CCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGAGttt < 2:179271/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |