| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 2,043,369 | A→C | 89.0% | D319A (GAC→GCC) | msrP → | protein‑methionine‑sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 2,043,369 | 0 | A | C | 89.0% | 254.2 / 20.0 | 82 | D319A (GAC→GCC) | msrP | protein‑methionine‑sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/5); new base C (39/34); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
GGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGT‑GGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCA‑ACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCAC‑CCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTT > NZ_LN832404/2043080‑2043657 | ggTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGT‑GGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCA‑ACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCCACGCCACTGTTTAATGGTTACGCAGCCCAgg > 2:70006/1‑295 (MQ=255) ggttttATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGT‑GGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCA‑ACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGt < 1:463120/292‑1 (MQ=255) tGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGT‑GGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCA‑ACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCAACCGAACGATTGATTGGTTCAGGCGGCATCCGCGATGTACAGAGCAAGCCAACGCTCGTGTGTAATGGTTGCGCGGCCACGGTGGCACCg > 2:146057/1‑295 (MQ=255) ggCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGT‑GGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCA‑ACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGc > 2:227579/1‑295 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |