| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 502,728 | C→T | 75.1% | intergenic (‑191/+47) | EK12AG100_RS02465 ← / ← EK12AG100_RS02470 | Kef family K(+) transporter/fosmidomycin MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 502,728 | 0 | C | T | 75.1% | 169.2 / 53.6 | 88 | intergenic (‑191/+47) | EK12AG100_RS02465/EK12AG100_RS02470 | Kef family K(+) transporter/fosmidomycin MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/9); new base T (37/29); total (50/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
CAGAGGAGAAATACGTAGTTTATTGGCCAGCATGCCGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGATGCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTC‑TTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTA‑ACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGATAAATC > NZ_LN832404/502439‑503019 | caGAGGGGAAATACGTAGTTGATTGGCAAGGAGGCCGAGGATAAAGGCGAGCAAAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGTGGTGGCGTGATGCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTg < 2:332694/295‑1 (MQ=255) 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tGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTC‑TTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTA‑ACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGATAAATc < 1:331808/295‑1 (MQ=255) | CAGAGGAGAAATACGTAGTTTATTGGCCAGCATGCCGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGATGCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTC‑TTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTA‑ACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGATAAATC > NZ_LN832404/502439‑503019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |