| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 2,484,484 | G→A | 86.8% | S190L (TCA→TTA) | emrY ← | multidrug efflux MFS transporter permease subunit EmrY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 2,484,484 | 0 | G | A | 86.8% | 233.5 / 21.9 | 83 | S190L (TCA→TTA) | emrY | multidrug efflux MFS transporter permease subunit EmrY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/6); new base A (33/39); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAATAAATACGCGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATT > NZ_LN832404/2484192‑2484759 | aaataaatACGCGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCTAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTAAg < 1:479686/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |