Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_LN832404 | 2,923,076 | A→C | 85.5% | G155G (GGA→GGC) | ppnN → | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 2,923,076 | 0 | A | C | 85.5% | 211.9 / 23.9 | 76 | G155G (GGA→GGC) | ppnN | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/8); new base C (28/37); total (31/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
TTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAGATATCGAAAAACGTCTGGAAGCGTTTGTCCGTATCGCTCACGGTATCATT > NZ_LN832404/2922782‑2923370 | ttttGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCCCGACCACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTATTTTCCATCTTGCGTACCGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATGTGTGGGTCTTCTGGGGa > 2:561549/1‑295 (MQ=255) cGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACCCCCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGGCACATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCCCTCAAtt > 2:190749/1‑295 (MQ=255) gATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCCCTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACTCAATTa > 2:60793/1‑295 (MQ=255) gTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACTCAATTAACGAAAACg > 1:755280/1‑295 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |