| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 3,715,942 | A→G | 85.8% | intergenic (‑385/‑49) | EK12AG100_RS18455 ← / → EK12AG100_RS18460 | DUF3053 domain‑containing protein/HTH‑type transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,715,942 | 0 | A | G | 85.8% | 191.7 / 21.3 | 76 | intergenic (‑385/‑49) | EK12AG100_RS18455/EK12AG100_RS18460 | DUF3053 domain‑containing protein/HTH‑type transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/3); new base G (44/21); total (52/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
ACGTAATCTTCCTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTGTAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTG‑TCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATAAGCTTCGATGCAATTCACGATCCCGCAGTGTGATTTGAGGAGTTTTCAATGGAATATAAAGATCCAATGCATGAGCTGTTGAGCAGCCTGGAACAGATTGTTTTTAAAGATGAAACGCAGAAAATTACCCTGACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGT > NZ_LN832404/3715654‑3716236 | acctAATCTTCGTTGTAAAAGCATTGATAAAATGAAACGAGGTTAATTTGTTGTTTGATTGTTATAAAATGAGAGTGCCGTTGCCTTTTTTGTAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGGGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTG‑TCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATAAGCTTc < 2:348763/292‑1 (MQ=255) aTCTTCCTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTGTAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTG‑TCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATGAGCTTCGATGc > 1:343157/1‑295 (MQ=255) cTTCCTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTGTAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGATGTG‑TCTGCTTTTCCCGACTATTCTTATTGTGCTTCGATGCaa > 1:356745/1‑295 (MQ=255) aaaaTCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTGTAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTG‑TCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATAAGCTTCGCTggccggcgttgcg > 1:343510/1‑283 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |