| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 3,725,953 | T→C | 89.5% | intergenic (‑70/+2) | xylB ← / ← xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,725,953 | 0 | T | C | 89.5% | 221.6 / 14.9 | 76 | intergenic (‑70/+2) | xylB/xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/6); new base C (30/38); total (32/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
TACCCAATGCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGG‑ACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGTATCCATCGCGCCGATATGACCGTAAAACAGATCATATTTATCAGTA > NZ_LN832404/3725667‑3726240 | tACCCAATGCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGG‑ACTGCACAGTTAGTTGTTATTTg < 1:261885/295‑1 (MQ=255) accAATGCTGTAACGCCCTGCAGAGAAGGTTGATGGCCTAGAGCTTTGATTGCGCGGTCAGTTGCCTGCCACCACTGTGCCGGGTCGTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGG‑ACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTc < 2:754079/294‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGACAACAGGGCCAACGG‑CCTGCCACGTTAGCCGTTATTTGTCGaa > 2:330702/1‑295 (MQ=255) aaTGCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGAAAACCGGGCCAACGG‑CCTGCACCGTTCGCCGTTCTTTCTCGaa > 2:26583/1‑295 (MQ=255) gCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGG‑ACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAg > 1:174521/1‑295 (MQ=255) gttAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGG‑ACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGAt < 1:748077/294‑1 (MQ=255) aaCGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGG‑ACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAAt < 1:133296/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |