| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 4,160,596 | C→G | 86.9% | A162G (GCA→GGA) | btuB → | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,160,596 | 0 | C | G | 86.9% | 190.5 / 21.3 | 61 | A162G (GCA→GGA) | btuB | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/5); new base G (22/31); total (25/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
CGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGT‑TCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTG‑AATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGCAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACAC‑GGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATGGTAATACCGGAACGCAAGCGCAGACAGATAACGATGGTTTTTTAAGTAAAACGCTTTATGGCGCGCTGGAGCATAACTTTACTGATGCCTGGAGCGGCTTTGTGCGCGGCTATGGCTATGATAACCGTACCAATTATGACGCGTATTATTCTCCCGGTTCACC > NZ_LN832404/4160310‑4160884 | ctccttctcCCGTGCGTCGATATAACCCAAGACGGCGGTTCAGGTCAGTGTTTATCTATTTTTATTCGGGTTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTTTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGT‑TCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTG‑AATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTggg < 2:556941/290‑1 (MQ=255) 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gcGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGT‑TCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTG‑AATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGCAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCa < 1:371631/294‑1 (MQ=255) gATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGT‑TCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTG‑AATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTAGGGAAGCAATAGTTATCAGa > 1:563880/1‑295 (MQ=255) gATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGT‑TCTGCCGACATTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTG‑AATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGAACTCGGCGGGGTGGTGAATATCCTAAAGACGCGCGCTGCAACCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCCATAggtcacgga > 2:683875/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |