| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,443,520 | T→A | 88.8% | S979T (TCC→ACC) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,443,520 | 0 | T | A | 88.8% | 244.2 / 19.9 | 80 | S979T (TCC→ACC) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/5); new base A (34/37); total (38/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
TTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTG‑GGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGAT‑GTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAAACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATCCCTGAAGGGCGCTTCC > NZ_LN832404/4443226‑4443811 | ttgttTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGtttt > 1:632120/1‑295 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |