| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 701,954 | T→C | 87.3% | L357S (TTG→TCG) | nagE → | PTS N‑acetyl glucosamine transporter subunit IIABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 701,954 | 0 | T | C | 87.3% | 170.6 / 16.3 | 63 | L357S (TTG→TCG) | nagE | PTS N‑acetyl glucosamine transporter subunit IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/2); new base C (33/22); total (39/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
TTGGCGGTATGCTGCTTTCTGTTGCTGTTACTGCGTTCCTGACCGGTGTGACTGAGCCGCTGGAATTCCTGTTCATGTTCCTTGCTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTG‑TGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAGGTCTGACTCAACTGGCAACCAACTATATTGCTGCGGTTGGCGGCACTGACAACCTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCCCGCGTTAACGATACGATGTGTAAACGTCTGGGTGCTTCTGGGGTAGTGAAACTGAACAAACAGACTATTCAGGTGATTGTTGGCGCGA > NZ_LN832404/701663‑702244 | ttGGCGGTATGCTGCTTTCTGTTGCTGTTACTGCGTTCCTGACCGGTGTGACTGAGCCGCTGGAATTCCTGTTCATGTTCCTTGCTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTG‑TGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCCCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGt > 1:364579/1‑295 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |