| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 3,769,682:1 | +G | 92.9% | pseudogene (890/1913 nt) | EK12AG100_RS18705 → | PTS mannitol transporter subunit IICBA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,769,682 | 1 | . | G | 92.9% | 180.1 / 8.7 | 56 | pseudogene (890/1913 nt) | EK12AG100_RS18705 | PTS mannitol transporter subunit IICBA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base G (27/25); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
GTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CC‑GGTTTTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGAT > NZ_LN832404/3769397‑3769969 | gTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCAGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCTTGTTCACGCTGATTATCCTGGCCGGTGTTCTGGTCGCCCCGGCCGC‑T‑CC‑GGgttctcc > 2:864324/1‑291 (MQ=255)gTATTCAGCAGTACCATGAACTTGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CC‑GGgttctat < 1:695849/295‑5 (MQ=255) tATGCAGCAGACCCAGGAACTGGGTGAATCAATCTGCTTCCGGTGTGAGGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGGACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAAGCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CC‑GGgttctatc < 2:738078/295‑6 (MQ=255) tCAGCAGGCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGTTGGAAGCTAACCCGGGTCCAGGTATGGGCGGGCTGCTGGCGGACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCtt < 2:642816/295‑1 (MQ=255) gcagcagTGCCCTGAACGGGGTAAATCAATCGTCTTCCGGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCGGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCtt < 2:88503/294‑1 (MQ=255) ggtgagTGCCATGAACGGGGTATAGCAATCTTCTGTCGGATTGAAGGTAACCCGGGTCCAGGTGTGGGCGTGCGGCTGGCGTACGGGTTCGTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCTCTTCCGGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTg < 2:558348/291‑1 (MQ=255) agtcttCCCAGGACCTGGGGAAATCAATCTGCTGCCTGTTGGAAGCGAACCCGGGTCCAGGTATGGGGGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGc < 2:434532/290‑1 (MQ=255) cATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCATCGGCGGTATGCCTGGCGTGTTCACGCTGACTGTCCTGGGCTGTGGTCTGGTTTCCCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTCT‑CCTTGCTGTCCTgg > 2:651598/1‑295 (MQ=255) gAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTTACGCTGACTTTCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTT‑CG‑GGTCCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGa > 1:452013/1‑295 (MQ=255) aaCTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGAt > 1:249912/1‑295 (MQ=255) aaCGGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGAt < 1:469851/295‑1 (MQ=255) tGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTTATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGac > 1:537705/1‑295 (MQ=255) gggTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTTGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTTT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGaca > 1:40467/1‑295 (MQ=255) 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ttcCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGAGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAACAGGTGCTTACt > 1:350885/1‑295 (MQ=255) gAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTTCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACCATACTGGGCGGTGGCCTGGTTTCTCCGGCCTC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGCTGACACGTAACCGTGCTCACTTCCCTCAcc > 2:560296/1‑294 (MQ=255) gAAGCTAACCCAGGTCCAGGGATGGGCGTGCTGCTGTCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACa < 1:636635/295‑1 (MQ=255) 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aCATGTTCTTTGGACGTGGTAGCGCAAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGTGGTGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCAGCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGt < 1:368434/295‑1 (MQ=255) gTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTctct < 1:577510/295‑1 (MQ=255) cgttGGTGGTGCTAGCGCTGAACAGGCTGCGGGCGGTGGGGCAATCTTCCACTTCCTGGGGTGTATCCACGACATCTCCTCCCCGTATGTGCTGATGACTCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCt < 2:115867/293‑1 (MQ=255) 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tATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTAATGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACACGCAAATTGAAAGCAGCAGATGATATTGATGTAGCAGCTCGTCGTATg > 1:472364/1‑295 (MQ=255) gAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGGGTGGGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCCCTGCTATTTTGCTGCAAACCTGCAAAGTGACTGAAGACGATGATATTGAGGCAGCACATCGTCGCATGCAggccg > 2:88694/1‑292 (MQ=255) aTCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGACAGAAGCAGATGATGTTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGa > 2:562260/1‑295 (MQ=255) 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cATC‑T‑CCGGGTTCTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGAt > 1:848377/1‑295 (MQ=255) | GTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATC‑T‑CC‑GGTTTTAT‑CCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGAT > NZ_LN832404/3769397‑3769969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |