New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NZ_LN832404 | = 1472893 | NA (NA) | 115 (1.160) | 99/564 | NT | 100% | intergenic (‑45/‑51) | EK12AG100_RS07405/EK12AG100_RS25610 | IS3‑like element IS2 family transposase/phage tail protein |
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Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTACGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGCCATGTACCAGCAAGAAGTTCCGCAATAT > NZ_LN832404/1498442‑1499028 | gATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTagactg < 2:315777‑M2/295‑7 (MQ=255) 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tagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgctagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcacggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctctggcgtaagcaatccaaggaagaaagacttactgctgtcgccgacggagaacaggttgtt < 1:470651‑M2/295‑295 (MQ=255) tagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagccgccagccagctatttctctggcgtaagcaataccaggaaggacgtcttactgctgtcgccgccgggaaacaggttttt < 2:362227‑M2/295‑295 (MQ=255) tagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacacagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccaggtatttccctggcgtaagcaataccaggaaggaagtcttacctctgtcgccgccggagacaaggttgtt < 2:182213‑M2/295‑295 (MQ=255) | TTACGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGCCATGTACCAGCAAGAAGTTCCGCAATAT > NZ_LN832404/1498442‑1499028 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |