| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_LN832404 | = 3935137 | 0 (0.000) | 106 (1.070) | 99/566 | NT | 100% | coding (399/993 nt) | rbsR | ribose operon transcriptional repressor RbsR |
| ? | NZ_LN832404 | 4494655 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑46) | EK12AG100_RS22200/EK12AG100_RS22210 | DUF4102 domain‑containing protein/IS3‑like element IS2 family transposase | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGCGTACCACACAGGAAAAGATCGCAATTGTTCAGCAGAGCTTTGAACCGGGGATGACGGTCTCCCTCGTTGCCCGGCAACATGGTGTAGCAGCCAGCCAGTTATTTCTCTGGCGTAAGCAATACCAGGAAGGAAGTCTTACTGCTGTCGCCGCCGGAGAACAGGTT > NZ_LN832404/4494364‑4494946 | tttATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGCATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTCACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGACTCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCCATAAAAACGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTCACCGTGTGCTCCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGAATTTAATGTTCCCTGGTAGa > 2:253572/1‑295 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |